Dans le futur et dans l'espace, le capitaine Nemo voyage à bord de son vaisseau, le Nautilus, qu'il a construit lui-même et nommé ainsi en référence au sous-marin de son illustre ancêtre. Il est accompagné de son équipage, composé d'humains et divers extra-terrestres, dont ses amis Need et Daïna. Ensemble, ils doivent faire face aux guerriers fantômes et à leur redoutable chef, le Maître Fantôme, un ennemi à moitié robotisé qui était autrefois le meilleur ami de Nemo (il s'appelait alors Véniel) et qui voudrait étendre le chaos sur tout l'univers, à commencer par la Terre dont les ressources énergétiques lui seraient bien utiles. Nemo va alors tenter de contrecarrer ses plans, mais aussi tenter de rendre l'humanité que son ancien ami a perdu...
