A l'hôpital, Davis transmet à Sully et Monroe les informations dont il dispose. L'équipe de Cruz a été décimée. Seule celle-ci et l'un de ses hommes, Glenn Market, s'en sont sortis vivants. Pendant ce temps, le sergent Gelly informe Davis que Wynn et Dobrowski ont été tués dans un attentat.
S06E02 - La taupe
Donald Mann a été abattu par Faith Yokas alors qu'il était menotté. Cruz réagit rapidement et prépare une mise en scène pour éviter à Faith la prison. Pendant ce temps, Yoshi prend la fuite. Quant à Bosco, il est hors de danger même si ses capacités physiques sont considérablement amoindries.
S06E03 - Dernières volontés
Le fils du capitaine C.T. Finney est en stage au commissariat. Brendan Finney est fraîchement accueilli par Sully qui tente de convaincre son chef d'éviter de réunir Davis et ce dernier ; en vain. Davis a bien du mal à réfréner la fougue héroïque de son tout nouveau coéquipier. Brendan Finney manque de rentrer dans la voiture de Sully afin d'être le premier sur le lieu d'une fusillade pendant la célébration d'un mariage chinois.
S06E04 - Obsession
Faith Yokas rend visite à sa fille Emilie et lui reproche de ne pas être venue à sa cérémonie de promotion. La jeune adolescente lui rappelle qu'elle n'a pas souvent été là pour elle. Le jour même, la nouvelle inspectrice travaille sur sa première enquête. Avec son co-équipier, ils sont appelés pour régler une querelle conjugale. Alors qu'ils sont en train de calmer le couple, ils se rendent compte que du sang tombe du plafond. À l'étage du dessus, ils trouvent un homme mort depuis quatre jours ! L'homme, Aaron Gordon, 25 ans, s'est suicidé en se tirant une balle dans la poitrine...
S06E05 - Le Chasseur chassé
La découverte d'un cadavre dans la benne à ordures du commissariat jette un sentiment d'effroi dans les troupes. La victime est morte en se vidant lentement de son sang comme en témoignent des trâces de piqûre sur des veines bien précises. Miller réagit rapidement en téléphonant à son ancien supérieur. Il lui reproche notamment de l'avoir transféré pour étouffer une affaire similaire. Miller promet de le dénoncer. Cruz surprend la conversation. Faith Yokas est chargée de l'affaire. Miller lui propose son aide. Il lui explique qu'au cours de ces derniers mois, quatre corps de prostituées tuées selon le même mode opératoire ont été retrouvés dans la ville.
S06E06 - Les Plus grands enquêteurs du monde
Faith Yokas est chargée de mener l'interrogatoire du psychopathe qui serait responsable de la récente série de meurtres à la seringue. Le manque d'expérience de la jeune femme met le criminel en rage. Toutefois, elle parvient à savoir qu'il est infirmier diplômé et qu'il travaille dans une institution autre qu'un hôpital. L'homme ne cesse de réclamer le lieutenant Miller. Ce dernier fait brusquement son apparition dans la pièce lorsque le psychopathe confie à Yokas que Miller se rend régulièrement sur la tombe de l'une de ses victimes, une certaine Rebecca Hartfield...
S06E07 - Le grand saut
Faith et Fred comparaissent devant le juge. Chacun d'eux espère avoir la garde des enfants. Le juge choisit dans un premier temps de les entendre en privé. C'est alors que deux officiers des affaires internes font irruption et embarquent Faith. Pendant ce temps, le sergent Cruz est mise en garde à vue puis placée en détention provisoire, en attendant son procès. Ce changement de statut est dur à vivre. Dans la cellule, une femme dont elle a envoyé le frère en prison incite les autres occupantes à la passer à tabac...
S06E08 - Brisé
Le conseiller municipal à la sécurité, Jonathan Daniels, est agressé en pleine nuit dans un parc par un individu qui le viole avant de lui subtiliser sa carte bancaire. Après le drame, l'homme surgit du bois, hagard, et se jette sous les roues de l'ambulance conduite par Carlos. Il est rapidement emmené à l'hôpital. C'est la quatrième agression de ce type qui a lieu en moins d'un mois. Cruz est chargé de l'interroger. Etant une personnalité publique, l'homme refuse de porter plainte. Le lendemain, son agresseur, Dan, est arrêté alors qu'il était en train d'utiliser sa carte bancaire...
S06E09 - Les Péchés du père
Ty Davis informe Sully que l'arme qui a servi à abattre son père avait été subtilisée dans la salle des pièces à conviction. Par ailleurs, il lui reproche de ne pas l'avoir informé qu'il faisait l'objet, lui aussi, d'une enquête des affaires internes...
S06E10 - Sale balance
Sasha est aux prises avec un dealer, Skitter Matthews. L'homme parvient à lui prendre son arme. Quant à Brendan Finley, il gît inconscient sur le sol...
S06E11 - Pour l'honneur
Grâce au témoignage d'anciens officiers de l'unité anti-crime, Sullivan et Monroe montent un dossier contre le capitaine Finney, responsable, il y a vingt ans, de la mort du coéquipier de Sullivan.
S06E12 - L'Amour vache
Sullivan poursuit son action contre le capitaine Finney. Cruz fait équipe avec l'inspecteur fédéral Dante Rice pour retrouver les terroristes responsables d'un attentat dans un café.
S06E13 - Evacuation
Carlos et Grace sont appelés pour porter secours au deuxième terroriste. Les secouristes ne savent pas que le malade est contaminé.
S06E14 - Pères et fils
Le lieutenant Swersky dirige une descente de police pour arrêter l'assassin d'un policier de Philadelphie.
S06E15 - Révélations
Le sergent Cruz est gravement malade mais refuse de se soigner. Grace retrouve sa mère, devenue toxicomane et SDF. Sasha Monroe confie à Sully qu'elle est enceinte de Ty Davis. Bosco a perdu de son acuité visuelle. S'il ne réussit pas son test de tir, il ne pourra pas retourner dans la rue.
S06E16 - Epidémie
Monroe et Sully arrivent sur les lieux d'un braquage mais il est déjà trop tard pour le bijoutier. Toutefois, Davis et Finney parviennent à arrêter l'un des deux braqueurs, un déserteur de l'armée de terre.
S06E17 - Naissance d'un caïd
Pendant que Marcel, le dangereux chef de gang, continue de faire grossir les rangs de son équipe de criminels, Cruz cherche à le mettre en prison pour toujours. Mais pour cela, elle doit convaincre un garçon de témoigner contre lui. Yokas enquête sur la disparition d'une fillette auprès d'une secte.
S06E18 - Dans la ligne de tir
Bosco n'apprécie pas de faire équipe avec Monroe, à cause du rôle d'informatrice qu'elle a joué auprès des Affaires internes. Ils sont appelés tous deux pour intervenir dans un bureau d'aide sociale où une jeune femme armée est en train de faire un esclandre.
S06E19 - Racines
Holly Levine invite Carlos à passer deux jours loin de la ville. En réalité, elle le conduit dans sa famille. Elle s'est bien gardée de le lui dire... Faith confie ses doutes à Swersky en ce qui concerne les aptitudes de Bosco. Davis avoue à Sasha qu'il l'aime.
S06E20 - A chacun son Dieu
La voiture d'un couple, les Hart, est percutée par l'arrière, à plusieurs reprises, par un jeune homme au volant d'un 4x4. Ce dernier sort alors de sa voiture, une carabine à la main, et abat le couple, laissant la vie sauve à leur fils,Stephen.
S06E21 - Fin de service
A l'hôpital, Brendan reprend conscience et Grace se rend compte qu'elle tient à lui. Bosco abat Dante pour sauver Emily. Carlos tente en vain de demander la main d'Holly. Cruz passe un marché avec Marcel Hollis...
S06E22 - Adieu Camelot
Des gangsters prennent d'assaut le poste de police de la 55e rue et y mettent le feu. Cruz et Monroe sont pris au piège. Dans la confusion, Marcel, le chef du gang, parvient à s'enfuir.