Tous les pays du monde possèdent différents services qui au nom du secret d’état ou de la défense nationale commettent des actions souvent illégales sans que le public n’en soit avisé. Code secret s’inspire des différents fiascos issus de ces services pour imaginer d’une manière délirante les réunions à l’origine de ces missions ratées. On suit les aventures de deux agents secrets briefés pour une mission ultra importante par un général de l’armée...