Wolverine, l’éternel guerrier marginal, se retrouve au Japon. Vulnérable pour la première fois et poussé au bout de ses limites physiques et émotionnelles, Wolverine affrontera non seulement l’acier mortel du samouraï mais aussi les questions liées à sa propre immortalité.
Les mutants font face à une nouvelle menace : alors que la polémique fait rage autour d'un meurtre commis par l'un d'eux, le mouvement anti-mutants lance une attaque contre leur école. Magnéto se joint aux X-Men dans ce combat pour leur survie...