Après avoir été mordu par une araignée génétiquement modifiée, Peter Parker, un photographe, se découvre des pouvoirs surnaturels. Devenu Spider-Man, il engage une lutte sans merci contre le richissime industriel Norman Osborn, alias le Bouffon Vert.
Un groupe d'aliens, derniers survivants de leur espèce, viennent sur Terre afin de protéger notre planète, menacée par une invasion d'extraterrestres.
Peter Parker a enfin réussi à concilier son amour pour Mary-Jane et ses devoirs de super-héros. Mais l'horizon s'obscurcit. La brutale mutation de son costume, qui devient noir, décuple ses pouvoirs et transforme également sa personnalité...