À l'intérieur d'un tribunal, Zain, un garçon de 12 ans, est présenté devant le juge. À la question : " Pourquoi attaquez-vous vos parents en justice ? ", Zain lui répond : " Pour m'avoir donné la vie ! ". Capharnaüm retrace l'incroyable parcours de cet enfant en quête d'identité et qui se rebelle contre la vie qu'on cherche à lui imposer.
Paris, aujourd'hui. Dorcy, jeune Noir chrétien veut épouser Sabrina, une jeune Maghrébine. Cela serait si simple si Sabrina n'avait pas quarante frères et que ce mariage plein d'insouciance ne venait cristalliser un tabou encore bien ancré dans les mentalités des deux communautés.
Irène vit seule dans une maison au bord de la mer non loin de Rome. Son père et son amant la croient étudiante. En réalité, sous le nom de code MIELE, elle aide clandestinement des personnes en phase terminale à mourir dignement en leur administrant un barbiturique puissant.
L'histoire d'Anna se déroule à Naples. Entre passé et présent, entre noir et blanc et couleurs. Anna est une femme fragile. Prisionnière des devoirs familiaux et du rapport fusionnel avec ses trois enfants, désormais grands, elle a laissé sa vitalité s'éteindre lentement.