L’histoire de l'ingénieur japonais Jiro Horikoshi, connu pour avoir créé l'avion de chasse Mitsubishi A6M, surnommé chasseur Zero et devenu le symbole de la lutte aérienne du Japon durant la Seconde Guerre mondiale.
À travers l’histoire d’un naufragé sur une île déserte tropicale peuplée de tortues, de crabes et d’oiseaux, La Tortue rouge raconte les grandes étapes de la vie d’un être humain.
Anna, jeune fille solitaire, vit en ville avec ses parents adoptifs. Un été, elle est envoyée dans un petit village au nord d’Hokkaïdo. Dans une vieille demeure inhabitée, au coeur des marais, elle va se lier d’amitié avec l’étrange Marnie…