Le gratte-ciel Ziggurat abrite les élites de Metropolis. Le détective Shunsaku Ban enquête sur un trafic d'organes humains et rencontre le docteur Laughton. Celui-ci a créé Tima, une merveilleuse androïde destinée à trôner au sommet de Ziggurat.
Suite à une succession d’étranges phénomènes naturels, Budori le chat doit quitter sa forêt pour retrouver Neri, sa petite sœur mystérieusement disparue.
Dans un Japon rétro-futuriste où la télévision monopolise la conscience des habitants, Isawa (Tadanobu Asano), un assistant de production qui travaille chez Media Station, une Tour de Babel des temps modernes, vit dans un taudis, entouré de prostituées, de hors-la-loi et de malfrats de toutes sortes. Les seuls êtres moraux qu'on y trouve ...