Edward Elric et son frère Alphonse Elric sont des Alchimistes. Après avoir tenté de ramener leur mère à la vie, ils essayent de récupérer le tribut qu'ils ont payé. Pour cela, Edward est devenu Alchimiste d'État. Mais au cours de leurs recherches, bien des épreuves attendent les deux frères.
The Lost Canvas narre le récit de la précédente guerre sainte et du combat millénaire d'Athéna, déesse de la justice, et de son fidèle chevalier Pégase contre le dieu des morts Hadès, 250 ans avant les événements de Saint Seiya.