L'agent du FBI Olivia Dunham intègre la mystérieuse section Fringe pour élucider des affaires où la logique défie l'imagination. Elle fait équipe avec le brillant et instable scientifique Walter Bishop et son fils Peter. Que cachent ces événements paranormaux sur lesquels ils doivent enquêter ?
La galaxie est en proie à la Guerre des Clones qui oppose les maléfiques Séparatistes et leurs immenses armées d'androïdes à la République. Les Chevaliers Jedi luttent pour maintenir l'ordre et restaurer la paix tandis que de nouvelles planètes succombent chaque jour aux puissances du mal.