Light Yagami, un jeune étudiant surdoué, ramasse un jour le "Death Note", un carnet abandonné par un dieu de la mort, Ryuk, qui apparemment s'ennuyait dans son monde. Il suffit d'écrire le nom d'une personne dans ce carnet, et celle-ci meurt.
La venue des aliens a entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki, accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, décide de vivre et de se battre en tant que hors-la-loi.
Partout dans le monde, des individus en apparence ordinaires se révèlent dotés de capacités hors du commun : la régénération cellulaire, la téléportation, la télépathie... Ils ignorent encore qu'ils font partie d'une évolution qui va changer le monde à jamais !