Haruka, Makoto et Nagisa apprennent que leur club de natation de primaire va bientôt être détruit et décident d'y retourner. C'est là qu'ils croisent Rin, ancien membre de leur équipe de relais.
Hachiman, un lycéen intelligent et asocial, se voit contraint d'intégrer le club d'assistance pour aider les élèves en difficulté de son lycée. Hachiman se révèle rapidement indispensable pour trouver les solutions grâce à ses méthodes efficaces mais peu orthodoxes...