Mikoto Misaka vit dans une ville qui accueille les étudiants pourvus de dons qu'on appelle espers.Misaka est la troisième plus puissante. Elle contrôle les champs électriques et magnétiques. Accompagnées par deux autres amies elles vont tenter de résoudre certains problèmes qui pourraient mettre en danger la cité toute entière.
Sawako Kuronuma rentre au lycée en se promettant une chose : se faire des amis. Mais, des tas d'obstacles se dressent entre elle et ses camarades. Mais, même si la persévérance reste son atout, en étant timide et réservée, son manque de confiance en soi ne la rapproche pas des autres. Pourtant, le jour où le garçon le plus aimable et populaire de la classe commence à lui parler, tout change alors pour Sawako.