Trois jeunes apprentis faucheurs d'âmes, de l'école Shibusen, apprennent à devenir de vrais faucheurs d'âmes confirmés. Pour se faire, ils possèdent des armes humaines pouvant prendre l'apparence d'armes diverses. Malheureusement de nombreux obstacles barrent la route des protagonistes.
La venue des aliens a entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki, accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, décide de vivre et de se battre en tant que hors-la-loi.
Après avoir perdu leur mère, Edward et Alphonse tentent de la ramener à la vie grâce à une transmutation humaine. Tabou de l'alchimie, Edward perd un bras et une jambe alors que son frère Alphonse perd son corps, en guise de punition. Après qu'Edward ait réussi à enfermer l'âme de son frère dans une armure, ils décident de partir à la recherche de la pierre philosophale, qui leur permettrait de regagner leurs corps.
Mikoto Misaka vit dans une ville qui accueille les étudiants pourvus de dons qu'on appelle espers.Misaka est la troisième plus puissante. Elle contrôle les champs électriques et magnétiques. Accompagnées par deux autres amies elles vont tenter de résoudre certains problèmes qui pourraient mettre en danger la cité toute entière.
Sawako Kuronuma rentre au lycée en se promettant une chose : se faire des amis. Mais, des tas d'obstacles se dressent entre elle et ses camarades. Mais, même si la persévérance reste son atout, en étant timide et réservée, son manque de confiance en soi ne la rapproche pas des autres. Pourtant, le jour où le garçon le plus aimable et populaire de la classe commence à lui parler, tout change alors pour Sawako.