La série est une suite au jeu vidéo Final Fantasy V. Au moment où se déroule l'histoire, 200 ans ont passés depuis que Butz et ses compagnons ont sauvé les deux mondes de la menace de ExDeath. Malheureusement, ceux-ci sont à nouveau menacés par une force qui cherche à prendre possession des quatre célèbres cristaux représentant les quatre éléments fondamentaux, sans qui la vie ne serait plus possible : l'eau, la terre, le feu et le vent... Linaly, une descendante de Butz, ainsi que son ami et protecteur Pritz partent alors pour le Temple du Vent où ils espèrent trouver la source de ce nouveau danger...