2059, alors qu'une chanteuse de stature galactique, Sheryl Norme 17 ans, est en tournée dans la 25e flotte d'émigration Macross Frontier, une escadre hostile attaque celle-ci. Les forces armées régulières, dépassées technologiquement par ces agresseurs non-humains, les Varjas, doivent être supplées par une société militaire privée (le SMS : Secret Military Society) équipée de nouveaux chasseurs Valkyrie VF-25. Alto Saotome, un jeune homme de 17 ans, membre d'une troupe d'acrobates aériens, doit pour secourir Ranka Lee, une adolescente de 16 ans prise dans les combats, prendre les commandes d'un de ces appareils dont le pilote a été tué alors qu'il leur portait secours.