Dans un futur proche, la majorité de l'humanité est détruite par un cataclysme de grande ampleur. Le Japon se reconstruit peu à peu et met en place deux zones. Une zone riche de haute technologie et une zone pour les pauvres. Des groupes de résistants se forment et une organisation nommée "Phantom" est mise en place pour les supprimer. Deux résistants tentent d'échapper à cette organisation et prennent la fuite avec une mystérieuse jeune fille prénommée Sana.