A la fin du troisième millénaire, les machines que les humains avaient crées pour les servir ont pris le contrôle de la Terre. Dans l'espace, des forces armées préparent l'effort de résistance humaine. Le capitaine Zero se voit confier la mission surprenante et difficile de capturer le capitaine Albator, un pirate idéaliste qui fut son mentor.