Setsuna Mudou est un jeune étudiant de Tokyo tourmenté par un étrange malaise, il se surprend d'éprouver une très forte affinité pour sa petite soeur de sang Sara. De plus, Setsuna renferme en lui une grande force destructrice que seule sa soeur peut inhiber, mais d'autres intervenants venus de l'enfer veulent libérer cette force, voyant en lui la réincarnation d'Alexiel, l'Ange Organique, la plus puissante du paradis. Setsuna refuse cependant de croire à ces histoires, malgré certaines preuves flagrantes. Mais Rosiel, l'Ange Inorganique, frère jumeau d'Alexiel, va tout mettre en oeuvre pour "réveiller" l'esprit endormi de sa soeur en s'attaquant à son hôte Setsuna...