ClockWork Planet pose le décors d'un univers composé uniquement d'engrenages grâce au concours d'un énigmatique mécanicien qui œuvra pour la survie de la Terre voilà 1000 ans. L'histoire se focalise sur Naoto Miura, un garçon féru de mécanismes qui découvre un jour une boîte mystérieusement tombée dans son appartement.