A l'académie Kibôgamine, seuls les meilleurs dans différents domaines sont acceptés. Seulement, un jour, les voilà enfermés dans cette école par un ours noir et blanc appelé Monokuma. Ils apprennent qu'ils ne pourront sortir qu'en obtenant leur diplôme. Pour cela, un élève doit commettre un meurtre et ne jamais être démasqué. Si celui-ci réussit le meurtre parfait, les autres élèves seront condamnés à mort et lui seul pourra quitter l'école. Mais dans le cas contraire, le meurtrier reçoit un châtiment pour avoir perturbé l'ordre publique de la classe.