Tomoya Okasaki est en troisième année au lycée et est considéré comme un délinquant. Tout semble immuable dans sa vie de lycéen jusqu'à ce qu'il rencontre Nagisa et, dès lors, la vie de Tomoya change. Il commence à rêver d'un monde sombre dans lequel vit une jeune fille ayant la capacité de créer des objets uniquement à partir d'ordures. Tomoya entre ainsi dans ce monde vide et sombre et suit la fille, la seule autre "survivante" dans ce monde.