Trois enfants doués en informatique, Naoto, Yuka et Ippei, créent leur propre super-héros de jeu vidéo, mais découvrent ensuite qu'il est possédé par un policier inter-dimensionnel, Gridman. Poursuivant un programme maléfique appelé Kahn Digifer, il fusionne avec Naoto et combat les monstres numérisés de Kahn Digife, afin d'empêcher le démon informatisé de faire des ravages dans la ville de Sakuragaoka et dans le monde entier.