L'histoire démarre lorsque Bumblebee reçoit un message d'Optimus Prime, qui est coincé dans un étrange royaume parallèle, lui demandant de retourner sur Terre pour trouver l'Alchemor, un vaisseau-prison dont est sortie une nouvelle faction de Decepticons qui terrorise Crown City ! Bumblebee réunit donc une équipe de jeunes robots inexpérimentés mais complémentaires, qui devront chercher et capturer leurs nouveaux ennemis. Pendant ce temps-là, Optimus Prime aidera Bumblebee à distance dans son rôle de chef d'équipe et cherchera également à remplir sa destinée : atteindre la prochaine étape de son évolution pour devenir Optimus Supreme...