La brigade sera sollicitée pour investiguer la disparition de deux enfants et de leur père, la mort d’un accusé dans un procès pour viol et une affaire complexe impliquant des mariages arrangés et l’immunité diplomatique. En addition, l’une des anciennes affaires de Sanchez refera surface quand il est révélé qu’un homme emprisonné pour homicide pourrait être innocent. Provenza et Flynn seront attirés dans une chic propriété pour enquêter sur le meurtre d’un chien, mails ils devront résoudre l’affaire avec l’aide non désirée d’un détective amateur qu’ils ont déjà rencontré auparavant.
Quand un père et ses deux jeunes enfants disparaissent, la brigade doit faire vite pour les retrouver et découvre de terribles secrets de famille. Pendant ce temps, Raydor tente de faire confiance à Rusty quand il commence à faire des sorties seul.
S03E02 - Remise en liberté
Peu de temps après être sorti de prison, un homme qui proclamait son innocence est retrouvé assassiné. L'affaire de la victime est rouverte et la brigade travaille fort pour résoudre un meurtre vieux de dix-sept ans. À la surprise de Raydor, Rusty avoue la raison derrière ses récentes activités douteuses.
S03E03 - Un bichon à 20 millions
La brigade enquête sur le meurtre du chien : Faucon, de la millionaire Marcella retrouvée morte, elle aussi, dans leur villa. En même temps, Rusty à peur que sa mère retombe dans la drogue pendant sa periode de cure de désintoxication. Sharon décide d'aller la voir avec Rusty pour la convaincre de ne pas retomber dans la drogue.
S03E04 - Et que justice soit faite
Le meurtre d'un suspect de viol suscite un examen des émotions des suspects. Pendant ce temps, Rusty surprend sa mère à mentir et s'interroge sur ses motivations.
S03E05 - Ne pas déranger
Un étranger est retrouvé assassiné dans sa chambre d'hotel, la brigade doit trouver l'assassin rapidement pour éviter un incident diplomatique. Pendant ce temps, Rusty doit décider comment partager un secret avec la brigade.
S03E06 - Une parmi des centaines
Le corps d'une jeune fille est découvert dans un camion benne. Il s'agit d'une jeune fugueuse, sans domicile. L'équipe cherche son identité.
S03E07 - Deux options
Les corps d'un couple de personnes âgées sont trouvés assassinés à leur domicile. Leurs petits enfants ayant disparus les crimes majeurs, le SWAT et le FBI coopèrent afin de les retrouver.
S03E08 - L'invité d'honneur
Un corps a été retrouvé dans un garde meuble. Le principal suspect est la star du série TV et ami de l'inspecteur Tao.
S03E09 - Douce vengeance
Le patron d'un site internet est abattu dans son appartement. Son blog "Street Revenge" est un site où les hommes peuvent se venger de leurs ex-petite-amies en publiant des photos dénudées d'elles. Dans un premier temps, tout semble indiquer qu'un sniper soit l'auteur du meurtre. Les femmes victimes de "Street Revenge" deviennent des suspectes potentielles mais un mandat du F.B.I. datant d'il y a 6 semaines est également retrouvé à l'appartement. Parallèlement, Rusty doit allé chercher Ricky, le fils de Sharon à l'aéroport.
S03E10 - Les proies
La santé de l'ancien agent Howard le contraint à un travail de bureau non stressant cependant ce n'est pas le cas de son nouveau poste au Bureau des Opérations Spéciales de la Police de L.A.. Parallèlement, une flic infiltrée disparaît alors qu'elle aidait à résoudre la disparition de deux femmes dans un club de la Zoo Zone. Rusty rend visite à sa mère qui a fini en prison sans qu'il sache pourquoi.
S03E11 - Trois couples et un couffin
Le corps d'une jeune femme est retrouvé dans les égouts pluviaux. La brigade des crimes majeurs découvre qu'elle a accouché il y a 6 jours et qu'elle était une mère porteuse qui escroquait trois familles différentes. L'équipe doit non seulement trouver son meurtrier mais également le bébé. Parallèlement, Rusty doit annoncer à sa mère qu'il est sur le point d'être adopté.
S03E12 - Crime passionnel
Lors d'une soirée d'anniversaire d 'un étudiant, deux personnes se font agressées. Le principal suspect serait un jeune homme qui harcelait une des victimes.
S03E13 - Le rôle de sa vie
Un acteur hollywoodien, ancien enfant star, qui avait fait son grand retour sur les écrans après être tombé dans l'oubli, est retrouvé mort dans un quartier malfamé. Le corps a été abandonné dans une poubelle. Overdose ? Son manager et le réalisateur de son dernier film sont les premiers suspects. Par ailleurs, Flynn reçoit la visite de sa fille. Celle-ci demande à Sharon comment elle arrive à concilier sa relation avec Flynn et son rôle de chef d'équipe. Ses questions provoquent un certain embarras, qu'elle cherche à dissiper en invitant le couple à une représentation du ballet «Casse-noisette»...
S03E14 - L'incendiaire
Luis Navarro, un membre de gang, est disculpé du meurtre du jeune Curtis Wyatt. Le lendemain, Luis est retrouvé mort dans le coffre de sa voiture à laquelle on a mis le feu. Sur les lieux, la police retrouve un briquet métallique rouge, signature habituelle de l'incendiaire «Kérosène», membre d'un gang rival. Il possède un alibi...
S03E15 - Un réveillon sanglant
Profitant d'une manifestation festive réunissant des pères Noël, un homme déguisé se présente dans une banque pour la braquer. Le vigile alerté tire sur un des pères Noël, qui n'est malheureusement pas le braqueur. L'équipe de Sharon tente de mieux comprendre ce qui s'est réellement passé et se concentre sur les danseurs, avant de découvrir que le vrai braqueur est mort lui aussi. Ils s'intéressent alors à la chorégraphe de l'événement, qui est introuvable depuis le drame. Sharon découvre que toute l'opération a été orchestrée par l'une des employées de la banque, qui souhaitait payer des études fort coûteuses à son fils...
S03E16 - Un coupable idéal
Le lieutenant Flynn parvient à dissuader William Scott « Bill » de se suicider, en sautant d'un pont autoroutier. En rentrant de son travail, Bill avait trouvé le cadavre d'une jeune fille, sur son lit. Son passé de délinquant sexuel sur mineure lui faisait craindre d'être accusé de meurtre. La jeune fille morte est identifiée : Annie O'Hara, autiste de 16 ans, dont la disparition avait été signalée par les parents. Porteuse d'un bracelet GPS, sa position avait été localisée chez William Scott.
S03E17 - De l'autre côté de la barrière
Quand Julio arrive chez Ramona, sa mère, il la découvre allongée par terre, incapable de se relever. Pendant l'absence prolongée de Tino, son aide-soignant, qui est parti à la pharmacie, elle a vu quelqu'un entrer chez elle et sa boîte à bijoux a disparu. Quand Tino revient, il paraît suspect aux yeux de Julio qui le roue de coups. Tino parvient à s'enfuir mais est retrouvé mort plus tard, à son domicile. Julio est interrogé et les Affaires internes entament une enquête. Il doit justifier de son emploi du temps au moment du meurtre. Les soupçons portés à son encontre sont particulièrement graves...
S03E18 - L'accord - partie un
L'affaire Philip Stroh reprend. Le criminel tente de négocier avec le substitut du procureur, Emma Rios. Il prétend détenir des informations sur trois meurtres de femmes qui vont se produire. Une première victime est assassinée selon le mode opératoire détaillé de Philip Stroh. Une jeune femme est retrouvée morte dans l'incendie d'une maison abandonnée. Les recherches faites par le lieutenant Tao établissent 14 cas de prostituées mortes dans un incendie depuis 2007. Le symbole du dieu Mars a été relevé sur quelques scènes de crime. Les livres de religion trouvés dans la cellule de Stroh vont éveiller la curiosité des enquêteurs. La piste suivie d'une femme récemment disparue vont les mener jusqu'à une maison qui s'enflamme. A l'intérieur, le symbole du dieu Mars...
S03E19 - L'accord - partie deux
L'équipe étudie les livres pris dans la cellule de Stroh. Une astrologue, Clarissa, vient en aide aux enquêteurs. Elle établit que les meurtres ont lieu quand la conjonction Mars/Neptune est dominante dans le ciel. Stroh, parvient à s'enfuir, après avoir éliminé le juge Schaeffer. Il laisse une inscription énigmatique sur le mur : « Trouver Jesus de Nazareth ». Une recherche menée dans les dossiers défendus par Stroh mènent les enquêteurs sur un client de Stroh qui se faisait appelé « Jesus de Nazareth », de son vrai nom Markos Christakis, alias « le pyromane »...