Pendant que Lewicki tente de faire réintégrer Daniel Pierce en tant que professeur à l'université de Chicago, ce dernier est à Paris en compagnie de Miranda. Approché par un mystérieux agent du FBI, Pierce est chargé d'une mission secrète : récupérer une drogue expérimentale auprès d´un scientifique chinois lors d'une conférence à la Sorbonne…
S03E02 - Les héros de l'ombre
De retour à Chicago, Pierce est sollicité pour donner un avis d'expert sur le syndrome de Stockholm lorsque l'adjointe au procureur décède en plein tribunal. Insensible à la douleur, la jeune femme, touchée par balle avant l'audience, enquêtait sur un inspecteur de police utilisant de faux témoignage pour coffrer des criminels…
S03E03 - Le prix du sang
Kate demande à Pierce d'interroger un jeune garçon déficient mental qui a été pris en otage après le braquage d'une banque. L'identification des coupables conduit le duo vers une affaire dépassant le vol d'argent. Par ailleurs, Daniel reçoit une visite de son père, venu lui léguer sa maison malgré les rapports difficiles que tous deux entretiennent depuis 20 ans…
S03E04 - Echec au diable
Moretti demande son aide à Pierce sur le meurtre non résolu d'une jeune femme issue d'une riche famille. Le crime est revendiqué par la patronne de la victime, hospitalisée pour schizophrénie et clamant être possédée par le diable. Après s'être opposée à une séance d'exorcisme, Kate se met à dos le prêtre qui devait lui permettre de se remarier avec Donnie…
S03E05 - Demain l'éternité
Un scientifique, pionnier de l'intelligence artificielle, est retrouvé mort asphyxié dans son bureau pourtant hautement sécurisé et impénétrable. L'homme développait un projet top secret d'immortalité de la conscience humaine. Parallèlement à cette enquête, Pierce recueille son père, de plus en plus fragilisé par la maladie d'Alzheimer…
S03E06 - Instinct maternel
Le FBI recherche un bébé kidnappé et Moretti demande à Pierce d'évaluer la santé mentale de la mère, Lucy. À juste titre car l'enfant était en réalité une poupée très réaliste, créée par un artisan spécialisé. Lorsque la mère est tuée à son domicile, Kate et Daniel, qui s'interrogent sur leur propre désir de parentalité, se mettent en quête de retrouver le « vrai » bébé de la victime…
S03E07 - L'amour de l'art
Le psy de Daniel l'encourage à arrêter de parler à son hallucination, Natalie, et à sortir pour rencontrer des gens. Lors d'une exposition artistique, Pierce assiste à la mort du galeriste, frappé par une crise d'épilepsie devant une vidéo piratée dans ce but. Ce meurtre cachait en réalité le vol d'un tableau de valeur représentant une femme dont Pierce tombe sous le charme…
S03E08 - Les fantômes du passé
Contre l'avis de son psychiatre, Pierce accepte de travailler sur l'affaire qui l'avait conduit à 6 mois d'hospitalisation psychiatrique. Moretti cherche à résoudre le meurtre d'un agent du FBI, Anne-Marie Bishop. Cette dernière avait contacté Daniel à propos d'un témoin bipolaire mort d'overdose et Pierce avait découvert que de nombreuses personnes atteintes de troubles mentaux étaient mortes dans les mêmes circonstances. Persuadé qu'il était la prochaine cible d'un tueur en série, Pierce avait alors plongé dans une grave crise psychotique…
S03E09 - Ondes négatives
Un agent du FBI est blessé par les tirs d'un sniper dans le hall du bâtiment fédéral. D'après les chiffres gravés sur l'arme, Pierce déduit que la cible était en réalité un scanner ; le tireur étant obsédé par les ondes radio basses fréquences… Par ailleurs, Donnie se lance dans une carrière politique, encouragé par sa directrice de campagne, Shelby Coulson.
S03E10 - Un parfum de scandale
Donnie appelle Pierce à l'aide après s'être réveillé à côté de sa directrice de campagne, Shelby, assassinée. Sans souvenir des faits ni drogue dans son sang, Ryan est mis en examen pour meurtre… Par ailleurs, James Alan Pierce présente à son fils sa nouvelle compagne, Ruby, l'ancienne maîtresse d'un gangster recherché depuis plus de 20 ans…
S03E11 - Enquête en sommeil
Sur la piste d'un dangereux fugitif recherché par le FBI depuis 20 ans, Kate et Daniel ont été victimes d'une explosion. Souffrant d'un grave traumatisme crânien, Pierce est dans un état catatonique malgré l'effort de son entourage pour le stimuler. Ce dernier va néanmoins mener une enquête parallèle sur la mort de son cousin, Roger Pierce…
S03E12 - Derrière les rêves
Une famille a été égorgée dans son sommeil. Le couple parental avait fait fortune dans l'industrie du porc et s'apprêtait à léguer l'argent de la vente de leur entreprise à une œuvre caritative. Kate infiltre une association particulièrement virulente de défense des animaux. Daniel, lui, envisage la possibilité de somnambulisme criminel d'un des enfants…
S03E13 - L'effet miroir
Moretti et Pierce enquêtent sur le meurtre du consul général du Bengladesh. Retrouvée inconsciente avec l'arme du crime, sa secrétaire est accusée mais clame son innocence : elle se serait évanouie car elle ressentirait la douleur et les émotions des gens. Un journaliste, sur le point d'accuser le consul d'être responsable d'une épidémie de choléra au Bengladesh, est retrouvé mort à son tour…
S03E14 - A la folie, pas du tout
Un étudiant un peu excentrique est accusé d'avoir tué sa petite amie qui avait refusé de s'enfuir avec lui à l'étranger. Le croyant bipolaire ou schizophrène, mais non coupable, Pierce le fait interner auprès de Caroline Newsome le temps de l'innocenter. À deux jours du mariage de Kate et Donnie, Pierce doit travailler seul et faire face à ses sentiments pour son ancienne étudiante…
S03E15 - La mariée a disparu
Kate a été enlevée le jour de son mariage pour être échangée contre Josiah Rosenthal, l'ex psychiatre de Pierce, en attente de son exécution. Avec le père de la mariée, Joe Moretti, Pierce et Donnie vont alors agir sans l'aide de la police…