Le sous-marin Orpheus est en mission pour trouver de nouvelles ressources énergétiques dans la zone d'extraction du récif de Lomonosov. L'équipe de scientifiques à bord suit les traces d'une précédente expédition, qui s'était achevée par un désastre. Le bâtiment Hermès avait en effet disparu corps et biens. Le module Caspar et la scientifique Catherine Donnelly sont toujours portés manquants. Clem, le mari de Catherine, présent à bord de l'Orpheus, entend bien rester en vie et résoudre l'énigme de la disparition de son épouse. Un enregistrement, laissé par Catherine, laisse entendre que l'Hermès a été englouti par quelque chose de gigantesque...
S01E02 - La bactérie des abysses
L'Orpheus est enfin réparé et prêt à retourner à bon port, lorsque les membres de l'équipage sont trahis par Zubov, le capitaine russe. A l'exception de Svetlana, Vincent et Raymond, ils parviennent à s'échapper de justesse, mais au moment où ils atteignent la surface, ils font une découverte extraordinaire. Zubov veut faire éliminer Svetlana et Vincent, mais l'homme chargé de les tuer décide de les cacher dans le vaisseau. Catherine veut convaincre Frances de partir à la recherche de Svetlana, Vincent et Raymond. Pendant ce temps, en Angleterre, Meg, la mère de Catherine, découvre que sa maison est observée de près et détruit l'ordinateur de sa fille et toutes les données qu'il contient...