Douze mille ans après les événements de la Genesis of Aquarion, l'humanité sur la planète Vega est menacée par un nouvel ennemi de la planète Altair dont la population féminine a été anéantie par une mystérieuse maladie. Les Alteans en utilisant leurs "ravisseurs", envahissent les villes de Vega et kidnappent ses habitants à la recherche des femmes assez fortes pour survivre à la course inter-dimensionnelle du retour d'Altair