En l'an 3 de l'ère Bunkyū (1863 après J. C), soit un an avant les évènements de Hakuōki Shinsengumi Kitan, le Shinsengumi alors appelé Rōshigumi arrive à Kyoto. Serizawa Kamo, le capitaine de la troupe du Mito sauve la vie de Ibuki Ryunosuke, un jeune garçon fils d'un samourai qui fut attaqué par des Ronins et laissé pour mort.
12 épisodes
Chaîne d'origine : Tokyo MX
Diffusée à partir de : 9 juillet 2012
Ibuki Ryûnosuke est un jeune samouraï mourrant recueilli par Serizawa Kamo, un éminent guerrier de Kyoto. Alors que les tensions sont palpables entre les membres du Shieikan mené par Kondô et Hijikata, et le Rôshigumi, mené par Serizawa, l'arrivée de ce jeune combattant va perturber le groupe qui cherche à asseoir sa présence sur le territoire.
Ibuki Ryûnosuke est devenu le chien à la botte de Serizawa, le leader tyrannique du Rôshigumi. Il continue malgré tout d'évoluer aux côtés des membres du Shieikan, qui se réjouissent du retour de Hajime Saitô, qui tient par-dessus tout à payer sa dette auprès de Kondô et Hijikata.
Les tensions grandissent au sein du Rôshigumi, entre les forces de Serizawa et de Kondô. Pour renforcer la cohésion du groupe, Hijikata et Kondô décident de mettre en place un protocole de bonne conduite assez sévère.
Le protocole proposé par Hijikata et Kondô, où les traîtres seront obligés de s'ouvrir le ventre, surprend les rangs de Serizawa, au point de vouloir en découdre avec leurs nouveaux alliés. Sôji, jeune orphelin au service de Kondô depuis son plus jeune âge, voit dans cette affaire un moyen de montrer son utilité à son maître de dojo à qui il doit tout.
Tandis que le Rôshigumi se consolide, Ryûnosuke rencontre de nouveau Kosuzu, la jeune geisha qu'il avait protégée. Mais il ne s'attendait pas à ce que ses paroles puissent complexifier leur relation.
Serizawa et Kondô poursuivent leur collaboration à la tête du Rôshigumi, et acceptent de tester un remède étrange sur l'un de leurs hommes. Ce dernier entre dans un état second et attaque tous les membres, y compris Ryûnosuke qui pense pouvoir le combattre.
Les tensions grandissent entre Serizawa et les compagnons de Kondô et Hijikata. Notamment, les points de vue sur l'usage de l'Eau de la Vie, proposée par un mystérieux Kôdô, divise les guerriers
Après avoir encore abattu un Rasetsu, Serizawa impose d'incarner la crainte auprès des ronins du secteur. Alors qu'Ibuki commence à contrecœur à apprendre le sabre, les membres du Shieikan se rendent progressivement compte de la mauvaise réputation du Rôshigumi.
À Osaka, Serizawa, accompagné de Ryûnosuke et d'autres membres du Rôshigumi, fait encore des siennes auprès de geishas. De quoi rappeler de mauvais souvenirs à Ryûnosuke qui est toujours sous le charme de Kosuzu, et à qui il a promis de surveiller les faits et gestes de son maître tyrannique.
Tandis que les membres du dojo Shieikan se pavanent devant un combat de sumos, Serizawa fait encore des siennes et met le feu à une échoppe, entachant encore plus la réputation du Rôshigumi. Il devient urgent que le groupe reçoive la protection d'un fief puissant, car les différents essais sur l'Eau de la Vie, transformant les humains en Rasetsu, commencent à être concluants.
L'étau se resserre autour du cruel Serizawa, suite à toutes les expériences ratées sur les Rasetsu, et à l'arrivée du fief d'Aizu qui soutient le groupe de Kondô et Hijikata. Après la disparition de Niimi, le second de Serizawa, le binôme de samouraïs est contraint d'agir à l'encontre du chef controversé pour pouvoir être propulsés à la tête du Shinsengumi.
Kondô, qui préférait négocier avec Serizawa, se retrouve contraint, par le fief d'Aizu et ses seconds, de prendre une lourde décision concernant Serizawa. Ryûnosuke, spectateur de tous ces conflits, apprend que le vil samouraï qui lui a sauvé la vie est gravement malade. Comment va-t-il réagir lorsqu'il comprendra que cet homme va être cruellement éliminé ?