Les sergents Sergei Zhukov et Dmitri Lakarenko survolent la campagne tchétchène en hélicoptère lorsque des rebelles ouvrent le feu sur eux. Un missile les atteint et les deux hommes doivent se poser en catastrophe dans une zone d'atterrissage contrôlée. Alors que Dmitri tente d'ouvrir une porte pour quitter au plus vite l'appareil en flammes, Sergei semble chercher quelque chose avec frénésie. Ce n'est que lorsqu'il a remis la main sur le fameux objet, une photo du lieutenant Harmon Rabb, qu'il accepte de sortir de l'hélicoptère et de suivre son collègue dans les bois avoisinants... Lorsqu'il débarque en Russie pour faire la lumière sur cette affaire, Harmon rencontre le colonel Volkonov. Déterminé à stopper la corruption qui règne dans son pays, celui-ci sollicite l'aide de Rabb pour coincer un certain général Arkady Krylov, qui vendrait des armes prohibées aux Tchétchènes
S06E02 - Retrouvailles - 2ème partie
Deux autres agents du JAG viennent rejoindre Rabb à Moscou ; ils sont accueillis par un dénommé Alexei et veulent démonter le complot qui vise le président Poutine. Mac Kenzie souhaite se rendre en Tchétchénie pour rejoindre Rabb et demande à son chauffeur de l'y emmener ; elle connaît quelques difficultés à passer la frontière et ce périple risqué inquiète l'Etat-Major aux USA.
S06E03 - Vivre libre
Le capitaine Berroa est sur son bateau, l'USS Dace, avec le commandant William 'Willy' Crozier, et le reste de son équipage. Ils naviguent sur la mer des Caraïbes, au large des côtes de Cuba, dans les eaux territoriales américaines. Alors qu'ils arrivent dans une zone où flottent de nombreux débris, ils aperçoivent une personne en détresse... Bien que ces matériaux flottants se trouvent dans les eaux territoriales cubaines, ils décident de s'y aventurer, afin de porter secours au naufragé. Alors que le 'Dace' pénètre dans l'espace cubain, une frégate cubaine le repère, et le prend en chasse... De retour à Washington D.C., le commandant Harmon 'Harm' Rabb confie à Renee Peterson, que son demi-frère Sergei a disparu depuis pas mal de temps déjà. Renee, quant à elle, se plaint des absences répétées d'Harmon. Soudain, leur soirée est interrompue par l'arrivée de l'amiral Chegwidden, qui demande à 'Harm' de rassembler ses affaires pour se rendre dans les Caraïbes, au grand désespoir de Renee
S06E04 - Le Crash
Pour échapper à une tempête, un F-14, avec à son bord le capitaine de corvette Mike Urquiza, et le lieutenant JG Jeff Berke, est obligé d'atterrir au plus vite. Les deux hommes sont accueillis par le capitaine de corvette Bob Holtsford, qui leur souhaite la bienvenue et auquel ils présentent ensuite leur avion modernisé. Urquiza et Berke sont fatigués, mais décident tout de même de quitter la base pour se rendre à destination. Quelques minutes plus tard, alors qu'Holtsford s'entretient avec l'un de ses mécaniciens, Tim Cartwright, les deux hommes entendent un bruit assourdissant. Ils se précipitent au-dehors et aperçoivent l'avion d'Urquiza et de Berke en flammes...Aux quartiers généraux, le lieutenant-colonel Sarah ‘Mac' Mackenzie, arrive tardivement à une réunion consacrée justement à cet accident. Le commandant Harmon ‘Harm' Rabb Jr et l'amiral A.J. Chegwidden sont déjà présents. Alors qu'elle s'installe, Mic Brumby entre par surprise et la réunion commence...
S06E05 - JAG-TV
En Virginie, un couple en voiture s'arrête sur un pont ou une femme semble attendre quelqu'un. Ils se connaissent. L'homme se nomme Andy. En fait les deux femmes se battent pour cet homme. L'une est sa femme (Susan Kingsley) et l'autre sa maîtresse (Misty James). Lors de la bagarre,Misty tombe à terre... Morte.
S06E06 - La Princesse et le quartier-maître
Dans un logement d'une base navale de Norfolk, en Virginie, le Quartier-Maître Elling, et sa femme Fanny sont arrêtés par des agents fédéraux. Un certain Al Mutawaf s'adresse ensuite à Fanny, qui est en fait une Princesse de sang, et lui explique qu'il a reçu l'ordre de Son Altesse Royale Al Khair, de la ramener à la maison... Aux quartiers généraux du JAG, l'amiral A.J. Chegwidden rapporte les événements au commandant Harmon 'Harm' Rabb Jr. Il lui explique que les deux jeunes gens se sont rencontrés lorsque Elling était affecté à Al Khair. Elling a été rapatrié aux Etats-Unis, a obtenu de faux papiers d'identités pour Fanny, et l'a introduite sur le territoire américain. Les deux jeunes gens se sont mariés peu de temps après. Furieuse, la famille de Fanny veut récupérer la jeune femme
S06E07 - Les Démons du passé - 1ère partie
Tom Boone est un ancien ami du père de Harm. Il raconte à Harm des histoires du passé notamment un épisode à bord del'USS Ticonderoga. Boone est un ancien aviateur. Mais alors qu'ils discutent, Boone apprend qu'il va être le sujet d'une enquête interne.
S06E08 - Les Démons du passé - 2ème partie
L'amiral Boone est jugé pour le massacre d'un village vietnamien.
S06E09 - Secrets de famille
Harriet, la femme du lieutenant Roberts, accouche d'une petite fille mais des complications au moment de la naissance entraînent la mort du bébé. Bud accuse le docteur Gettis d'avoir commis une erreur médicale, lorsqu'il apprend qu'Harriet présente une tumeur abdominale, que Gettis a ignorée à la dernière échographie... Parallèlement, Harmon apprend que son frère, Sergei, a été porté disparu lors d'une mission en territoire tchétchène
S06E10 - De vieilles connaissances
Alors que le capitaine Curt Hollenbeck attend sa nomination en tant qu'inspecteur général au JAG, il est accusé de harcèlement sexuel sur la personne du capitaine Caitlin "Kate" Pike, laquelle a travaillé sous ses ordres quatre années auparavant... Harmon est chargé de prendre la défense de Kate, qui est une vieille amie, mais Sarah refuse de défendre Hollenbeck, sous prétexte que Kate lui a fait des confidences intimes sur ses relations passées avec des supérieurs de la Marine
S06E11 - A Chacun sa place
Un homme en train d'administrer une correction à son fils est frappé par un témoin qui assiste à la scène. Pendant ce temps-là, Mc Kenzie et Rabb sont convoqués par Chegwidden.Il doit s'absenter du JAG pendant quelques temps et souhaite qu'ils le remplacent durant cettepériode.
S06E12 - Collision
Quand un navire de la Marine Américaine entre en collision avec un navire turc durant un exercice d'entraînement de l'OTAN, impliquant ainsi quatre pays, le commandant du navire américain fait figure de bouc émissaire. L'amiral Chegwidden est chargé de porter des accusations contre lui, alors que Harm et Sarah McKenzie sont chargés de prendre sa défense
S06E13 - Miracles
Harm se charge de la défense d'un sergent de la Marine, accusé de tentative de meurtre sur son épouse. Son seul espoir d'obtenir l'acquittement est de persuader le jury que si son client en est arrivé là, c'est à cause d'une prière qu'il a adressée un jour à un aumônier tué au Vietnam
S06E14 - Les Forts et les faibles
Harm et le lieutenant Roberts poursuivent en justice un officier, accusé du meurtre d'un de leurs collègues. Mais, lorsqu'une preuve essentielle disparaît du dossier, il leur faut trouver un autre moyen pour faire la lumière sur cette affaire
S06E15 - Femmes à bord
Lorsqu'un sous-marin soviétique est détruit, les Russes accusent la marine américaine d'avoir commis une gravissime erreur. Harm, qui est très ami avec le capitaine Volkonov, se retrouve au centre d'un conflit
S06E16 - Le Héros inconnu
1950, pendant la Guerre de Corée, au réservoir de Chongjin. Trois Marines subissent les attaques des Coréens ; deux d'entre eux succombent.
S06E17 - Bravoure
Harm et Mac se rendent au Bahrain, pour déterminer si une femme, engagée dans les Marines, et retrouvée sur un bateau appartenant à des terroristes qui ont attaqué un destroyer de l'US Navy, a été contrainte ou non d'aider ces individus qui l'ont capturée. Il se pourrait bien qu'elle ait agi de son plein gré
S06E18 - Escale au Mexique
Harm est chargé de défendre le lieutenant Michael Roberts, le frère de Bud, accusé d'avoir tué un homme dans un bar lors d'une rixe entre militaires et civils à Mezatha, au Mexique. Harm va devoir prouver que Roberts a agi en état de légitime défense. Cet événement donne lieu à une réunion de famille au cours de laquelle Monsieur Robert père confie à Harm que Michael n'a rien d'un assassin
S06E19 - Rédemption
Clark Palmer, un vieil ennemi de Harm, et le sergent Krohn, ce dernier étant accusé d'avoir essayé d'assassiner sa femme, sont tous deux en prison et déclarent avoir eu la vison du Père Wiggins, un aumônier disparu au Vietnam. Palmer avance que lorsque ce dernier lui est apparu, il lui a confié où se trouve l'individu qui a agressé Madame Krohn, et lui a donné sa description
S06E20 - En quête d'innocence
Au Cap Fear, en Caroline du Nord, à la base aérienne du Corps des Marines... Le programme OSPREY consiste à tester les appareils F14 et, lors d'un vol d'essai à bord duquel se trouve Bobbi Latham, membre du Congrès un incident se produit, blessant légèrement les occupants. Madame Latham porte l'affaire en justice, arguant que les appareils présentent des défaillances mécaniques. De son côté, le pilote reconnaît avoir commis une fausse manoeuvre, qui a causé l'accident. Harm est chargé de la défense du pilote, et est également amené à prouver la fiabilité des appareils
S06E21 - Cartes sur table
Le lieutenant Jordan Parker, une ancienne petite amie de Harmon Rabb, est retrouvée assassinée. En proie à des émotions intenses, le lieutenant est chargé de l'enquête, alors qu'il se trouve également sur la liste des suspects
S06E22 - Mise au point
Durant la fête organisée pour les fiançailles de Sarah Mackenzie, cette dernière et Harmon Rabb en profitent pour s'éclipser et se remémorer les moments particuliers qu'ils ont partagés depuis leur rencontre
S06E23 - Mutinerie
En préparant une conférence qu'elle doit donner sur un célèbre procès de 1842, une mutinerie qui avait mal tourné et dont les trois meneurs avaient été pendus, Mac se met à imaginer ses collègues officiers dans les rôles de mutins
S06E24 - A La dérive - 1ère partie
Harm doit effectuer des exercices d'appontage qui l'empêchent d'assister à la répétition de la cérémonie de mariage de Mac. Il débarque ainsi sur le USS Patrick Henry où il retrouve le Lieutenant Hawkes, alias « Skates » avec qui a déjà effectué plusieurs vols. L'officier d'appontage, le Capitaine Loftness, voit arriver celui qu'il appelle le « bavard » (l'avocat) d'un mauvais œil et ne manque pas de lui faire des remontrances lorsque Harm manque son premier appontage.