A bord d'un MIG-29, Harm Rabb et Sarah MacKenzie survolent la ville de Beloya, à la recherche du père de Harm. Repéré par les radars de l'aviation soviétique, le MIG est abattu en plein vol.
S04E02 - Une Soirée à l'ambassade
Le professeur Rin Dubotu, un Soudanais, est kidnappé. Afi n d'éviter une guerre, Harm et Mac doivent découvrir si l'ambassadeur Moshak est impliqué dans cette affaire.
S04E03 - Délit d'innocence
Ichiro Higashimori se promène sur la plage quand il entend une femme crier dans la nuit. Il part à sa recherche et découvre sa fi lle, Jun, en train de se faire agresser par un inconnu. L'agresseur prend la fuite, mais il perd dans sa course une casquette de base-ball...
S04E04 - Vendetta
En voyage en Italie avec sa fi lle, l'amiral Chegwidden croise deux marins ivres. Alors qu'il va les réprimander, deux hommes surgissent d'une camionnette et enlèvent sa fi lle...
S04E05 - Les Vétérans
Le lieutenant Harmon “Harb” Rabb se rend dans un centre psychiatrique pour y rencontrer Roscoe Martin, un malade mental soupçonné d'avoir poussé un certain Birdman, lui aussi patient de l'hôpital, à se suicider...
S04E06 - Manipulation
Deux terroristes s'attaquent à un navire de l'USS alors qu'il fait escale dans le Golfe Persique. Ils parviennent à poser une bombe sur la coque du navire...
S04E07 - Une Voix dans la nuit
Les lieutenants Rice et Morrison survolent l'espace aérien irakien à bord de leurs F14. Soudain, deux avions ennemis les prennent en chasse...
S04E08 - Pour quelques minutes de plus
Le journaliste Norman Delaporte dénonce dans un reportage télévisé des crimes de guerre commis par une équipe de soldats américains durant l'opération tempête du désert.
S04E09 - Un Passé encombrant
Au lieu de quitter la ville comme il l'avait promis, l'ancien mari de Mac, Chris Ragle, revient la harceler dans son appartement. Il la menace d'aller révéler à ses supérieurs la liaison qu'elle a eue autrefois avec le commandant Col Farrow.
S04E10 - Perdu dans le désert
Deux bédouins surveillant leurs troupeaux de chèvres remarquent quelque chose d'étrange dans le désert. En s'approchant, ils découvrent un soldat américain inconscient, luttant contre la mort.
S04E11 - Chloé
Le soir de Noël, une énorme tempête de neige s'abat sur la capitale. Harriet et Bud emballent les cadeaux destinés aux enfants d'un hôpital quand Chloe, une fillette de 11 ans, arrive et se présente comme la fille de Mac.
S04E12 - Justice expéditive
Harm et Mac sont chargés d'arrêter trois marins poursuivis pour avoir corrigé le patron d'un bar situé sur les docks. Ils découvrent que l'agression était en fait une vengeance...
S04E13 - Le Choix
Lors d'une opération de nuit à Reka au Kosovo, un commando de la Navy échoue près d'une petite écurie. Ils pénètrent dans les lieux et découvrent avec surprise que ceux-ci sont vides.
S04E14 - La Jungle des miroirs
Le lieutenant Harmon reçoit un coup de téléphone en plein milieu de la nuit. Alors qu'il tente de décrocher le téléphone, Harm entend des coups de feu. Il accourt sur le pont du bateau.
S04E15 - La Loi du Talion
Une équipe de la Navy, composée de quatre hommes, part en exercice d'entraînement sur une rivière. Soudainement, une balle frôle la tête du Lieutenant River.
S04E16 - Enquête dans le silence
En émergeant au large des côtes norvégiennes, un sous-marin provoque un accident entre deux bateaux disputant une course de haut niveau.
S04E17 - L'Enfant de personne
Le corps d'une fillette de sept ans est découvert dans l'annexe navale du Potomac. La petite a sauvagement été battue puis étranglée... Chargés d'enquêter, le lieutenant Harmon Rabb et Sarah MacKenzie sont horrifiés à la vue du spectacle, surtout Harmon, qui tient à tout prix à trouver lui-même le coupable de cet acte crapuleux... Il fait appel à une collègue et amie, le capitaine Teresa Coulter, experte dans ce genre d'affaire
S04E18 - Dans le noir
Harm, Mac et Bud se rendent à bord de l'USS Coral Sea, amarré dans le Golfe Persique, pour enquêter sur un accident qui a coûté la vie à un jeune marin.
S04E19 - Adversaires
Accusé par un civil d'avoir dérobé du matériel à la Navy, “Big Bud“ Roberts demande à son fils, “Bud“ Roberts, de l'aider à se disculper. Mais Bud se demande s'il doit aider son père, étant donné leurs relations conflictuelles...
S04E20 - Changer le passé
Harmon Rabb Jr doit effectuer un atterrissage de nuit. Mais à mesure qu'il approche de la piste, celle-ci devient de plus en plus floue. Le père de Sarah est sur le point de mourir.
S04E21 - Hallucinations
Harm croit perdre la tête : il a des visions de son père décédé. La psychiatre de la Navy lui explique que tout cela est finalement très normal. Mais Harm persiste à avoir des doutes...
S04E22 - Un Vieux compagnon
L'amiral Chegwidden et Clayton Webb sont chargés de délivrer un agent de la CIA enlevé par des terroristes. Les deux hommes, qui ont des relations difficiles, s'associent pour mener à bien leur mission.
S04E23 - Et un bébé, un !
Harm pense qu'il est temps qu'il se remette à voler maintenant qu'il a retrouvé sa vision nocturne. Mac et Jordan ne sont pas vraiment enthousiasmées par cette idée. Harriet est sur le point d'accoucher...
S04E24 - Tout recommencer
Alors qu'il se demande s'il va rester au JAG, Harm apprend la réapparition de Charlie Lynch, le meurtrier d'Annie Lewis. Il décide de le traquer pour enfin parvenir à l'empêcher de nuire...