La réorganisation de l'équipe pose des problèmes moraux à quelques "anciens", particulièrement à Pembleton qui entre en conflit avec quelques nouveaux éléments de la brigade. Quand Lewis sollicite un changement de partenaire, Kellerman est une fois de plus sidéré et déstabilisé. Parallèlement à ces problèmes internes, les détectives sont interpellés pour résoudre le meurtre d'une personne employée chez un des hommes les plus éminents de Baltimore, Félix Wilson. L'amitié profonde existant entre Wilson et Giardello ne facilite pas les choses. Et malgré la mort du dangereux dealer Luther Mahoney, les ravages causés par son héritage malfaisant n'auront de cesse de continuer à contrarier nos détectives.
S06E02 - Les Liens du sang - 2ème partie
Alors que l'investigation sur la mort de l'employé de Felix Wilson se poursuit, Ballard a des doutes sur la façon dont Pembleton mène l'enquête. En effet celui-ci refuse d'interroger Wilson et les membres de sa famille.
S06E03 - Les Liens du sang - 3ème partie
Wilson apparaît à la télévision et offre une récompense de 10.000 dollars à qui pourrait aider la police à retrouver le meurtrier de sa domestique. L'affaire divise l'équipe et provoque des discussions enflammées sur les problèmes raciaux. Ballard est de plus en plus convaincue qu'un des membres de la famille Wilson est impliqué dans le drame. Un coup de théâtre inattendu leur donne l'opportunité de fouiller la maison et d'effectuer des prélèvements. Ils trouvent enfin de quoi démasquer le coupable. Falsone et Lewis, quant à eux, retrouvent Wilkie Collins et sa femme assassinée dans leur somptueuse propriété. Punition pour avoir indirectement aidée la police à arrêter Giorgia ? Leur petit garçon, Jack, caché dans la maison, a été témoin du meurtre. Falsone prend le petit en mains et tente de gagner sa confiance pour le faire parler.
S06E04 - Naissance
Falsone et Lewis s'associent au détective Stivers, spécialisé dans les crimes sexuels, pour enquêter sur l'agression d'une femme. Celle-ci est trop choquée pour pouvoir donner des informations, l'enquête s'enlise.
S06E05 - Mon enfant
La police criminelle de Baltimore et celle de New York collaborent pour l'enquête sur le meurtre de Brittany Janaway, 14 ans, fille du Dr Janaway, chirurgien plasticien à New York, propriétaire d'une maison de campagne à Baltimore. C'est dans cette maison qu'a été agressée Brittany avant de mourir à New York d'un empoisonnement du sang. Les soupçons se portent rapidement sur le père de Brittany. Il est interrogé, ainsi que son épouse, et se retrouve au tribunal sur le banc des accusés pour viol ayant entraîné la mort. C'est Mac Coy et Ed Denver qui participent au procès. Après divers témoignages, un coup de théâtre suspend l'audience : l'accusé aurait soudain un alibi pour la nuit du meurtre. Toute l'équipe de la brigade criminelle a 48h pour vérifier si l'alibi tient la route. L'enquête prend alors une autre direction.
S06E06 - La Rose de Saïgon
S06E07 - Heure de pointe
Un homme semble avoir été poussé sous une rame de métro très tôt le matin. Accident, meurtre ou suicide ? Pembleton et Bayliss sont appelés sur place. Pembleton tente de maintenir l'homme en vie en attendant l'ambulance. Il lui fait la conversation et lui pose des questions sur sa famille pendant que Bayliss interroge les témoins. La victime est coincée, le buste sur le quai, les jambes écrasées sous les voitures du métro. Lewis et Falsone partent ê la recherche de la petite amie du blessé, espérant la retrouver avant qu'il ne soit trop tard
S06E08 - Joyeux Noël
Les détectives Ballard et Gharty doivent enquêter sur le meurtre de Philip Longley, retrouvé la nuque brisée dans une wasserette. Les parents de Longley leur donnent un carnet d'adresses et ils décident de recueillir les témoignages de toutes les personnes qui y figurent. Peu après, Julianna Cox découvre que Longley était séropositif. Mme Longley est convoquée au bureau de la brigade. Elle leur parle de Rita Hale qui ne figure pas dans le carnet d'adresses. Ils se rendent alors chez la jeune femme pour l'interroger à son tour. Pendant ce temps, Munch prépare son bar pour la soirée de Noël quand son ex femme, Gwen, débarque. Sa mère vient de mourir et elle vient chercher l'aide de Munch pour organiser les obsèques. Kellerman se décide enfin à confier à Lewis que Giorgia Mahoney possède une cassette vidéo de la mort de Luther. Paniqué, Lewis veut en parler à Stivers... L'ambiance de Noël aidant, une idylle se noue entre Cox et Bayliss
S06E09 - À vos amours
Les détectives Bayliss et Pembleton enquêtent sur le meurtre d'un homosexuel retrouvé défiguré et le crâne fracturé. C'est Chris Rawls, propriétaire d'un bar gay "Le Zodiaque", qui a retrouvé le corps près de ses poubelles. Interviewé sur place, il propose, connaissant bien "le milieu" de les aider dans leur enquête; ensemble ils cherchent à identifier la victime, étape indispensable avant de retrouver le meurtrier. Bayliss n'est pas insensible à la personnalité de Chris. Ce sentiment, cette approche d'un monde qui lui était inconnu, provoquent en lui des réflexions dont il s'ouvre ê Pembleton. Plutôt amusé, celui-ci ne partage pas les mêmes intérêts
S06E10 - Les Péchés du père
Lewis et Falsone enquêtent sur la mort de Martin Ridenour, retrouvé pendu, le dos lacéré de coups de fouet, dans un quartier défavorisé de Baltimore uniquement habité par des noirs. Cadre blanc travaillant dans une agence de publicité florissante, issu d'un milieu aisé, Ridenour semblait ne rien avoir à faire dans ce quartier... Suicide ou meurtre ? Telle est l'énigme que devront résoudre Lewis et Falsone
S06E11 - Suicide ou meurtre ?
S06E12 - On ne touche pas au sacré - 1ère partie
S06E13 - On ne touche pas au sacré - 2ème partie
Ballard, Gharty, Pembleton et Stivers font équipe pour résoudre le meurtre de deux prêtes impliqués dans des affaires politiques. Les indices semblent deux réfugiés d'Amérique centrale.
S06E14 - La Guerre est finie
Pembleton et Bayliss enquêtent sur la mort d'un homme semblant avoir été enterré vivant dans un parc. Membre d'un groupe d'aventuriers aimant se confronter à diverses excentricités, le voici victime d'une aventure qui a mal tourné. Quand sa femme, Delphine Akton, débarque sur les lieux du drame et leur annonce que son mari lui a téléphoné de sa tombe pour lui demander d'appeler la police car son cercueil avait été trafiqué, la thèse de l'accident est écartée au profit de celle de l'assassinat.
S06E15 - Les pit bulls attaquent
Pembleton et Falson enquêtent sur la mort d'un homme âgé qui aurait été tué par le pitbull appartenant à son petit-fils.
S06E16 - Pitié
Bayliss et Pembleton enquêtent sur ce qui semble pourtant avoir été la mort naturelle d'un homme atteint d'un cancer du côlon. La soeur du défunt accuse son médecin traitant, le Dr Turner, d'avoir hâté la mort de son frère et exige une autopsie. Nos détectives sont obligés d'interroger le Dr Turner, considérée comme une sommité dans l'hospice où elle travaille. Sa spécialité : les soins palliatifs. Cet interrogatoire va quelque peu ébranler les deux hommes. Falsone et Stivers font équipe pour retrouver le meurtrier de Laetitia Morrisson, douze ans, abattue lors d'un hold-up dans une pizzeria. Giardello les met en garde sur les bouleversements psychologiques qu'un meurtre d'enfant peut provoquer chez l'inspecteur qui en a la charge. Kellerman a manoeuvré pour rencontrer le juge Gibbons qu'il sait corrompu. Il met au point un chantage pour coincer Gibbons et mettre G. Mahoney hors course. Il met Lewis au courant de son plan.
S06E17 - Enlèvement
Un petit garçon de 4 ans se fait kidnapper alors qu'il se trouvait sur un manège. Toute l'équipe est mise sur l'affaire. La mère, Amy Marshal, qui accompagnait l'enfant, est interrogée sur les lieux où l'enfant a disparu. Les premiers soupçons se portent sur le père de l'enfant, séparé de sa femme. C'est elle qui a obtenu la garde de l'enfant. Mais son alibi tient la route ; et vu l'angoisse dans laquelle il se trouve après avoir appris la nouvelle, les suspicions des enquêteurs à son égard disparaissent vite. Enquêtes et interrogatoires se succèdent auprès de la garderie, des baby-sitters, des voisins, en vain. Tous les médias s'emparent de l'affaire, notamment l'émission TV "Avis de recherche"... Enfin, la technique de l'hypnose est utilisée par une spécialiste auprès des enfants qui étaient sur le manège en même temps que Sean et c'est ainsi que les indices finissent par surgir.
S06E18 - Le Champion
Marc McCarron, jeune star de basket-ball, est retrouvé tué de deux balles en plein coeur dans les douches de son collège. Toute la ville est sous le choc car la victime était promise à un avenir sportif professionnel brillant. Gharty et Munch enquêtent sur l'affaire. Le garçon semblait apprécié de tous et n'avait aucun ennemi. Jusqu'au jour où des informations différentes leur parviennent
S06E19 - Simple strangulation
Une femme âgée d'une vingtaine d'années est retrouvée dans le parc avec des collants autour du cou. Les inspecteurs Ballard et Gharty pensent alors que le motif du meurtre est celui du crime sexuel ou du vol. Mais après avoir fouillé les lieux, ils se rendent compte que la femme portait toujours ses bijoux et que le corps ne montrait aucune trace de coups ou de lutte. La découverte de deux minuscules contusions sur le cou de la victime leur permet cependant de rassembler les pièces du puzzle
S06E20 - Cachotteries
Deux cadres supérieurs se suicident à un jour d'intervalle : Joséphine Dalton, 46 ans, mariée, mère de deux enfants, a été retrouvée morte dans sa voiture, asphyxiée au monoxyde de carbone et Ken Alden, 54 ans, s'est tiré une balle dans la tête dans son bureau. Munch et Ballard enquêtent sur le suicide de Joséphine tandis que Bayliss et Pembleton sur celui de Ken. Un lien existe manifestement entre les deux affaires. Ils découvrent que Joséphine et Ken fréquentaient le même club de loisirs et que tous les deux avaient reçu des photos compromettantes concernant leur vie privée. La piste du club mène nos détectives à un énigmatique personnage, son président Remington Hill, qui utilise de bien malsaines façons au nom de la morale...Pendant ce temps, Kellerman assiste à une séance au tribunal présidée par le juge Gibbons au cours de laquelle celui-ci déboute la plaignante, Georgia Mahoney. Meldrick est de retour à la brigade et réintègre son poste tandis que la bande et Mahoney continue à se décimer