Cole apprend que Stacy, son ex-petite- amie, est atteinte de leucémie. Pour être sauvée, elle doit subir une greffe de moelle. Le seul donneur possible, c'est Mickey Finch, un prisonnier.
S03E02 - Le chat et la souris
Lena, une dangereuse terroriste internationale, est escortée par des agents fédéraux dans un aéroport. Mais suite à une erreur de vigilance, Lena parvient à se débarrasser de ses menottes.
S03E03 - Un couple presque parfait
Nancy, la meilleure amie de Westlake, lui demande d'enquêter sur le passé douteux de Mike, son mari. Après avoir relevé ses empreintes digitales, Westlake découvre la véritable identité de Mike.
S03E04 - Les Orphelins
Suite à une série d'explosions criminelles qui ont déjà fait trois victimes, Catlett contacte Cole car il pense que ces actes ont un lien avec une enquête qu'il avait mené sur un tueur en série.
S03E05 - Le Projet Windstorm
Cole et Westlake sont à la poursuite d'un homme suspecté de vol quand apparaît une superbe moto appelée "Vent de tempête". L'engin est piloté par Billy Denver, un brillant conducteur.
S03E06 - Les Anciens Combattants
Cole apprend qu'un vol va avoir lieu sur un site de constructions aérospatiales par un homme nommé Varik Lendl. Mais ils arrivent trop tard.
S03E07 - Le Revenant
Trois voyous agressent un clochard. Cole, Westlake et Frankie interviennent à temps et arrêtent les trois hommes. Cole s'aperçoit avec surprise que la victime est l'un de ses anciens amis.
S03E08 - Le Chéri de ces dames
Après avoir accepté de témoigner contre Albert Corrente, Sandy DeFalco est assassiné dans l'explosion de sa voiture. Les suspects sont Corente et Kenny Matuszak.
S03E09 - Conduite en état d'ivresse
Cole apprend que sa nièce Samantha et son amie Terry ont eu un grave accident alors qu'elles revenaient d'une soirée. Elles ont percuté une autre voiture. Le conducteur est mortellement atteint.
S03E10 - Randonnée sauvage
Une randonnée sauvage, organisée par Westlake et son amie Elise Gray Hawk, tourne au cauchemar. Leurs deux clientes sont Iris Bentenn, une femme d'affaire insupportable, et son assistante, Julie Stone.
S03E11 - Les Cobayes
Cole et Westlake doivent capturer Jesse Kerns, une prisonnière qui s'est évadée. L'équipe Viper apprend par la suite, que Jesse est porteuse d'un virus contagieux et mortel.
S03E12 - La Revanche du passé
Albert Lagatta, un capo de la mafia, est assassiné alors qu'il allait donner des informations à Catlett. Allan Ford, le sous-directeur du FBI, charge Cole et son équipe de l'enquête.
S03E13 - Mais où se cache Sammy Chun ?
Cole est sur le point d'arrêter un contrebandier, Sammy Chun, grâce à un de ses contacts, Harper, mais l'opération échoue à cause d'un journaliste qui filmait la scène.
S03E14 - En filigrane
La société pour laquelle travaille la petite amie de Cole est cambriolée alors que ses dirigeants, Walter van Dunzen et Elliot Peoples, avaient réussi à amasser un million de dollers de dons.
S03E15 - Un nouvel homme
Catlett enquête sur le meurtre de plusieurs agents du FBI mais refuse de donner plus d'informations à Cole et Westlake. Alors qu'il sort de son bureau, une voiture fonce droit sur lui.
S03E16 - Ne faites confiance à personne
Le Dr Peter Markam meurt avec plusieurs de ses patients dans son centre "Le havre de l'espoir". Catlett pense qu'il s'agit d'un suicide collectif.
S03E17 - Double mixte
Charles et Sarah Benett, un couple de malfaiteurs, sont arrêtés par Cole alors qu'ils cambriolaient le centre de recherches Cosgrove. La seule chose que l'on trouve sur eux est un masque Maya.
S03E18 - Patate chaude
Un homme se fait tirer dessus par deux individus mais parvient à s'en sortir indemne. Il s'agit de Max Doyle, qui doit témoigner contre Nathan Le Shane, le père des deux tireurs.
S03E19 - Retour au pays
A la demande de son père, Ethan, Cole retourne dans sa ville natale afin d'enquêter sur la mort du chef de la police, Ray Buckner, un ami de la famille.
S03E20 - Protection rapprochée
Richard Evans, photographe à sensation et ex-mari de Westlake, reprend contact avec celle-ci afin de finaliser la procédure de leur divorce.
S03E21 - Alerte à la bombe
Cameron prend la place d'un agent de la FBI qui était sur le point de vendre à un groupe terroriste un détonateur permettant d'amorcer une bombe volée. Sa mission est de la désamorcer. Elle doit rencontrer Damon Foster. Celui-ci lui ordonne d'actionner l'appareil. Alors que Cameron fait mine d'exécuter l'ordre, deux agents de la ND les surprennent et lâchent un gaz soporifique. A son réveil, l'agent Westlake se trouve ligotée à un lit d'hôpital. Elle tente de faire comprendre au personnel qui elle est
S03E22 - Cole contre Cole
Giles Seton veut vendre la Viper au meilleur offrant. Mais avant, il doit trouver la Viper et la voler.