Clark rencontre Jennifer qui semble en voie de guérison, et l'assure une nouvelle fois de son soutien. Jones et Medavoy se rendent sur les lieux d'un meurtre : une femme a été cambriolée et battue à mort dans son appartement. Ils sont rejoints par Sipowicz, retardé par la naissance de son deuxième fils : Matthew Nicolas.
S12E02 - Un nouveau départ
Le nouveau lieutenant du commissariat du 15ème district, Thomas Bale, est très directif. L'inspecteur Ortiz, qui travaille avec lui, enquête avec la charmante détective Laura Murphy sur l'assassinat d'un sans-abri et sur celui d'un sexologue. L'inspecteur Clark, de son côté, se remet difficilement du suicide de sa compagne.
S12E03 - Vengeance du passé
Le fils du détective Sipowicz est kidnappé. Celui-ci doit pourtant continuer à faire son travail au commissariat du 15ème district et enquêter sur l'assassinat d'un malfaiteur.
S12E04 - Séparations de biens
Un homme signale au commissariat du 15ème district que son fils a été kidnappé. Au même moment, une jeune femme est retrouvée assassinée chez elle. Les deux enquêtes se compliquent quand le témoignage de l'inspecteur Clark est mis en doute...
S12E05 - La colère de Sipowicz
L'inspecteur Sipowicz est blessé alors qu'il aide son collègue Clark à rentrer chez lui après une nuit agitée. En retournant à sa voiture, il y trouve un dispositif d'écoute plutôt surprenant...
S12E06 - Le revenant
Les inspecteurs du commissariat du 15ème district enquêtent sur l'agression d'un père de famille et celle d'un employé d'un vidéoclub. Parallèlement, un riche antiquaire est victime d'un cambriolage. Medavoy, de son côté, accepte un deuxième emploi : videur dans un bar.
S12E07 - Les ennemis de Medavoy
Au commissariat du 15ème district, l'inspecteur Medavoy prend de plus en plus de risques en travaillant la nuit dans un bar. De son côté, son collègue Jones demande la garde du petit Michael, contre l'avis de son père, un criminel.
S12E08 - Témoin sous surveillance
L'inspecteur Jones se rend au tribunal pour l'affaire du petit Michael, mais celui-ci a disparu. Son père accuse Jones de le cacher. De son côté, Medavoy doit faire face aux suspicions concernant son deuxième travail. Sipowicz, lui aussi inspecteur au commissariat du 15ème district, révise afin de passer son examen de sergent.
S12E09 - Le sacrifice
L'inspecteur Jones est suspecté d'avoir assassiné le père du petit Michael. Sa culpabilité ne fait aucun doute pour ses collègues, car la victime a été tuée avec son pistolet. Medavoy, pour sa part, est pris en flagrant délit sur le lieu de son autre travail.
S12E10 - La mort du frère
Au commissariat du 15ème district, les inspecteurs Sipowicz et Clark ont un différend avec le lieutenant Bale, lorsque celui-ci décide d'arrêter un père de famille ayant proposé un pot-de-vin à l'équipe.
S12E11 - Changement de cap
L'inspecteur Sipowicz est dérouté lorsqu'il trouve la carte de crédit de son supérieur, le lieutenant Bale, chez un homme suspecté de crime. Ortiz et Murphy, quant à eux, enquêtent sur la mort d'un grand avocat, et sur une fusillade meurtrière.
S12E12 - Un homme à femmes
Les inspecteurs Sipowicz et Clark enquêtent sur le meurtre d'une prostituée et sur le passé d'un de ses anciens clients, un créateur de mode. Alors que Murphy et Ortiz enquêtent sur un autre meurtre, ils font d'étranges rapprochements avec le précédent...
S12E13 - Meurtres chez les repentis
Les inspecteurs Sipowicz et Clark enquêtent sur un tueur en série qui a infiltré des réunions d'alcooliques anonymes et étranglé plusieurs femmes. Le meurtre d'un jeune homme dans un appartement rempli de stéroïdes mobilise également les inspecteurs du commissariat du 15ème district.
S12E14 - Morte lente
L'inspecteur Ortiz apprend que le petit ami de sa cousine est poursuivi par des membres du club des drogués anonymes. Sipowicz et Clark enquêtent sur le meurtre d'un richissime restaurateur. Jones, de son côté, s'occupe d'un policier retraité dont le fils paralysé a été tué.
S12E15 - La bomba
Alors que les inspecteurs Sipowicz et Clark enquêtent sur le meurtre d'un grand homme d'affaires, un riche jeune homme est retrouvé mort dans une ruelle fréquentée par des dealers. Peu à peu, le rapprochement entre les deux affaires s'annonce comme une évidence...
S12E16 - Meurtre à l'hospice
Pendant que les inspecteurs Medavoy et Jones enquêtent sur l'assassinat de la mère d'un juge, Sipowicz, promu au grade de sergent, se charge avec Clark de celui d'un millionnaire.
S12E17 - Le blues du sergent Sipowicz
L'inspecteur Clark suspecte le frère d'un soldat mort en Irak d'avoir tué un sergent de l'armée américaine. Parallèlement, les inspecteurs du commissariat du 15ème district enquêtent sur la mort d'un sans-abri.
S12E18 - Meilleures ennemies
Les inspecteurs du commissariat du 15ème district enquêtent sur deux affaires : la mort d'un officier de police et celle de la femme d'un bijoutier. De son côté, le lieutenant Bale est blessé pendant son service. L'inspecteur Medavoy, quant à lui, décide de prendre sa retraite.
S12E19 - Une vraie promotion
Le lieutenant Bale est hospitalisé, et recommande l'inspecteur Sipowicz pour le remplacer à la tête du commissariat du 15ème district. Pendant ce temps, les inspecteurs Ortiz et Murphy suspectent le mari d'une jeune mariée musulmane de l'avoir tuée.
S12E20 - Le nouveau chef
Les inspecteurs du commissariat du 15ème district sont contraints d'enquêter auprès des prostituées de la ville. Deux nouveaux détectives les rejoignent dans cette affaire qui s'annonce difficile...