Le commissariat du 15ème district de New York se réveille, choqué au lendemain du 11 septembre 2001. Sorenson n'a pas réapparu. Sipowicz est inquiet et d'une humeur de chien avec tout le monde. Cependant, les affaires continuent : quatre jeunes filles ont été tuées dans un appartement. Sur cette enquête, Sipowicz et McDowell font équipe avec un jeune officier des stupéfiants, John Clark. Très vite, de nouveaux éléments confirment la nouvelle que tous redoutaient : le détective Danny Sorenson est bien mort...
S09E02 - Johnny est nommé inspecteur
Equipé d'un micro, Julian Pisano a rendez-vous dans un bar avec le meurtrier présumé de Danny Sorenson. Mais, l'entrevue tourne mal. Clark est blessé et Sipowicz abat l'assassin supposé. Plus tard au commissariat, le père de Clark, un policier bien connu de Sipowicz, veut savoir pourquoi cela a mal tourné. De son côté le lieutenant Rodriguez apprend que sa mère a été violentée par un homme cagoulé...
S09E03 - Clark, père et fils
Tony Rodriguez souhaite que Sipowicz fasse équipe avec le jeune Clark. Mais Andy refuse invoquant le fait qu'il vient juste d'enterrer son ancien partenaire et qu'il en a déjà eu un s'appelant John. Ce qu'il veut c'est travailler avec Connie. Junior suivra le mouvement. Une femme est retrouvée poignardée à son domicile. Accueilli par Sipowicz, McDowell et Clark, le mari de la victime est vite considéré comme le principal suspect, d'autant que son alibi n'est pas valable...
S09E04 - Au travail, Clark
Sipowicz et Clark Jr arrivent à un accord professionnel concernant le père de ce dernier. Eddie Gibson abandonne les horaires de nuit et devient le partenaire de McDowell...
S09E05 - Aux gendarmes et aux voleurs
Les véhicules garés sur le parking du commissariat ont été forcés. Et Clark, sans domicile, a perdu toutes ses affaires, y compris son insigne de police. McDowell et Gibson sont sur un homicide, alors que les autres soutiennent Clark Jr. Plus tard, ce dernier, aidé de Sipowicz, tente de venir en aide à une personne, volée par un soi-disant policier...
S09E06 - Désir d'enfant
Valerie fait un saut à l'appartement de Baldwin. Andy Sipowicz accepte de déjeuner avec la nièce de Gibson, Cynthia. Et quand un bébé disparaît de l'hôpital, tous les policiers se mettent sur l'affaire. Un propriétaire d'origine arabe, qui a vu son magasin détruit par une bombe, accuse un homme qui n'arrêtait pas de l'importuner, d'en être l'auteur...
S09E07 - La Morte du 11 septembre
Voulant reprendre contact avec sa fille qu'elle a eu à 15 ans et qu'elle a laissée pour adoption, Connie la surveille et la surprend avec son copain en train de fumer un joint. Elle décide de l'interpeller et de l'amener au poste dans l'espoir de mieux la connaître. De leurs côtés, Sipowicz, Gibson et Clark enquêtent sur un meurtre lié au milieu de la drogue...
S09E08 - Une Journée de chien
Eddie Gibson passe au commissariat pour un dernier adieu à ses collègues avant d'entrer à l'hôpital pour soigner son cancer. Il propose à Sipowicz un poste à mi-temps comme agent de sécurité pour une riche veuve. Ortiz et McDowell sont sur une affaire d'homicide. Et, Jones et Medavoy vont rendre visite à Ray Maxwell, qui vient de porter plainte pour vol de chiens de race. Le propriétaire d'un magasin d'animaux est bientôt suspecté...
S09E09 - Et le fils arriva
Amenés à travailler avec leurs collègues du Bronx et notamment avec le père de Clark, les policiers enquêtent sur des arnaques survenues dans des salons de massages. Les autres sont sur le cas d'une vieille femme dont le domicile a été cambriolé par des employés de la désinfection...
S09E10 - Jalousie
Sipowicz vient voir Gibson à l'hôpital afin d'en savoir un peu plus sur Mme Hornby et ses bijoux volés. Une tentative de cambriolage dans un restaurant a tourné au massacre : au moins deux personnes ont été tuées. Dépêchée sur les lieux, Connie remarque une femme qui prétend être flic. Interrogée, celle-ci avoue avoir menti pour essayer de rendre service...
S09E11 - Décisions radicales
Ortiz reçoit le message d'un homme qui a la preuve écrite que sa femme a une liaison avec son mari. Les policiers travaillent sur un homicide survenu pendant la nuit et questionnent un témoin potentiel jusqu'à ce que la mère de celui-ci débarque au poste...
S09E12 - Oh, maman !
Enquêtant sur le décès d'un étudiant, Sipowicz et Clark Jr sont sur la piste d'un certain Swirly, qui s'est battu avec la victime peu avant. McDowell et Ortiz sont sur le cas d'un bébé de 3 ans retrouvé mort, tué par balle dans son berceau. Ils apprennent qu'une fête pour des fiançailles se déroulait sous les fenêtres de la chambre de l'enfant. Quant à Ortiz, elle révèle à Rodriguez qu'elle est sur le point de divorcer...
S09E13 - Perversions
Un docteur a été tué. Sur les lieux du crime, les policiers tentent de regrouper les premiers indices. De son côté, Sipowicz évite McDowell depuis le baiser échangé la soirée précédente. De retour au commissariat, John Irvin présente celui qui le remplacera le temps de ses vacances...
S09E14 - Fausse note chez les rappeurs
Un coffre-fort a été dérobé et deux personnes retrouvées crucifiées. Ortiz et McDowell prennent l'affaire en main. Encore en vie, une des victimes raconte aux policiers que deux Russes sont responsables de ces atrocités. Sipowicz, Clark Jr et Medavoy enquêtent sur l'affaire d'une star de rap blessée par balle lors de la soirée de lancement de son nouveau disque. Un des agents de sécurité est un ancien copain de Clark...
S09E15 - Les Flammes de l'enfer
Une bombe a explosé dans une clinique pratiquant l'avortement. Un gardien a été tué. Clark Jr et Sipowicz se rendent sur les lieux. Là, en attendant de rencontrer le responsable, Clark tente d'en savoir un peu plus sur la relation entre Sipowicz et McDowell. Ortiz et McDowell travaillent sur une affaire d'homicide, lorsque l'agent Ortiz réalise que la victime n'est autre que la maîtresse de son mari...
S09E16 - La Loi du silence
Connie et Ortiz enquêtent sur le viol d'une femme dans son appartement. L'affaire s'annonce facile lorsque le mari de la victime avoue avoir vu son cousin Lenny Ganno s'enfuir par la fenêtre. Clark Jr rend visite à James Kilik, un garçon qu'ils ont soustrait à sa mère déséquilibrée quelques semaines auparavant. Les autres agents mènent des recherches sur le meurtre d'une jeune Asiatique...
S09E17 - Coup monté
Alors qu'il discute avec son fils Théo de leur prochaine escapade à Disney World, Sipowicz découvre l'attachement du garçon pour Connie. A la recherche d'un taxi qui aurait fui le lieu d'un crime, les policiers découvrent qu'il appartient à Ryan Lip, un homme qui les avait aidés sur une autre affaire quelques semaines plus tôt. Interrogé, ce dernier clame avoir tiré en cas de légitime défense...
S09E18 - L'Honneur retrouvé
Clark Jr s'entraîne pour combattre sur le ring Laughlin. Sipowicz rencontre Rodriguez suspendu pour avoir omis de parler d'une tentative de corruption. Sipowicz et ses comparses commencent à enquêter sur le braquage d'un fourgon blindé, occasionnant le décès d'un des convoyeurs de fonds. McDowell et Ortiz sont sur le meurtre d'une femme, dont le corps a été retrouvé dans une benne à ordures...
S09E19 - Déceptions
Si McDowell aimerait parler à Sipowicz de leur voyage à Orlando, ce dernier par discrétion évite toute conversation. Clark Jr prend en charge une affaire de viol et doit interroger un délinquant sexuel résidant non loin de là. Jones et Medavoy enquêtent de leurs côtés sur l'assassinat d'un médecin...
S09E20 - Ultime décision
Après avoir passé la nuit ensemble, Clark Jr et Ortiz rejoignent l'équipe déjà au travail sur un double homicide. Au bureau, Medavoy annonce le mariage de sa fille. McDowell et Ortiz s'occupent d'une femme arrêtée en possession de cocaïne et d'ectasy. Sipowicz et Clark Jr interrogent un suspect dont le nom était inscrit dans l'agenda électronique de la victime. Ils réalisent ensuite qu'il est recherché pour incendie criminel...
S09E21 - Le Grand saut
Les policiers enquêtent sur le cambriolage d'une épicerie qui a coûté la vie au propriétaire. Frank Hughes, un de leurs confrères, les aiguille vers Terence Cates. Sipowicz, de son côté, annonce à l'équipe qu'il part passer un week-end à Orlando avec son fils et Connie McDowell...
S09E22 - Compte à rebours- 1ère partie
De retour de Floride, Sipowicz reprend une plainte concernant la disparition d'un jeune garçon de 12 ans. Plus tard, le père d'un ami de l'enfant passe au commissariat et leur apprend que celui-ci aurait préféré vivre chez son père. Mais bientôt, le corps du garçon est retrouvé, dans un terrain vague...
S09E23 - Compte à rebours- 2ème partie
Arrivées sur les lieux du crime, McDowell et Ortiz ne peuvent que constater le meurtre d'une vieille femme. Le voisin de pallier, un ancien taulard, et le gardien de l'immeuble révèlent aux policiers que le petit-fils de la victime, un drogué qui n'arrive pas à décrocher, pourrait être l'agresseur...