Alors que Jane enquête sur une femme retrouvée morte dans une benne à ordure, Frankie se retrouve impliqué dans une fusillade.
S06E02 - Pêche à la perche
Un pécheur est retrouvé mort sur sa barque. Parallement Angela fait un régime tout en Couleur. Elle ne mange que des fruit colorés. Et francky a la suite d'un pari doit s'occuper d'un sac de farine.
S06E03 - Un cadavre peut en cacher un autre
Jane et Maura sont appelées pour aller à la BCU (une académie de recherche dédiée à l'étude à la décomposition humaine), quand la victime d'un crime est retrouvée enterrée. Angela a des secrets qu'elle garde caché de Jane.
S06E04 - Contrefaçon
Le meurtre d'un célèbre voleur mènent Jane et Maura dans le monde des objets d'art et des contrefaçons. Jane doit traiter avec un agent du FBI qui s'intéresse à son cas. Angela à un nouvel homme dans sa vie.
S06E05 - Répercussions
Maura apprend l'assassinat de son assistante Susie suspectée d’être véreuse. Dr Maura Isles craint un scandale dans la presse, et prévient le gouverneur. Suite au rapport du médecin légiste, Maura est suspendue par ce dernier.
S06E06 - Visages anonymes
Le témoin d'un meurtre souffre de cécité de reconnaissance faciale, un mal répandu; la famille Rizzoli se prépare pour la visite d'un intrigant cousin.
S06E07 - Mauvaise graine
Quand une jeune fille de 16 ans est tuée et laissée dans une cage, Jane et Maura se retrouvent face à un dilemme éthique d'un psychiatre, et face à l'opposition d'un procureur.
S06E08 - Ravie de vous connaître, Dr Isles
Lorsque le bijoutier à Boston de "cool et célèbre" meurt, l'enquête conduit à un membre de la famille Isles ... ce qui conduit à un secret que Maura a gardé pendant presque toute sa vie.
S06E09 - Partenaires particuliers
Le meurtre d'un étudiant prend une tournure bizarre quand Jane et Maura découvrent qu'il avait 32 copines. Alors en train de chercher qui l'a tué et pourquoi, elles sont entraînées dans un monde de développeurs d'applications, des amis virtuels et des relations fondées sur des mensonges. Pendant ce temps, Korsak introduit enfin à tout le monde la nouvelle femme dans sa vie.
S06E10 - La bête à concours
Quand un entraîneur de chien est retrouvé mort à la maison, son champion Rottweiler est le principal suspect. Comme l'équipe enquête sur ce tueur improbable, Maura a une interaction particulière avec Kent.
S06E11 - Alias
Après la découverte d'un corps à Boston lié à un assassinat à Los Angeles, Jane et Maura remballent leur crème solaire et sauter dans un avion. Avec les filles hors de la ville, Angela et Korsak prévoient un "double date" avec leurs "date" respectives, Kiki et Ron.
S06E12 - 5:26
La mort d'un ancien toxicomane s'avère être connecté à la personne qui a mis le feu à l'appartement de Rizzoli, piraté ses comptes financiers et menacé elle-même et ses proches.
S06E13 - Cache-cache
Maura est kidnappée et Jane et l'équipe font tout ce qu'ils peuvent pour la retrouver avant qu'elle ne soit blessé. Alors enlevé, Maura découvre un complot qui met Jane en position de cible.
S06E14 - Une mine de billets
Un gardien de sécurité dans un magasin d'herbes, arrête un vol. Le gardien est blessé par balle alors qu'il tue l'un des voleurs. La police a beaucoup de questions qui restent sans réponse. Rizzoli & Isles recherchent le voleur complice. Plus tard, Rizzoli poursuit ses efforts pour protéger Isles et Angela.
S06E15 - Morts de peur
Jane et Maura enquêtent sur l'assassinat d'une femme qui fait partie d'un "club de la peur"; Korsak et Nina trouver le hacker de Jane, mais cette découverte conduit à d'autres questions; Korsak envisage de proposer à Kiki de l'épouser.
S06E16 - Amer Baltique
Quand une bataille d'armes à feu fait rage dans un quartier calme, laissant un mort, Jane et Maura sont jetés dans le monde secret d'une bande d'Europe orientale. Maura revient avec une fièvre tout en jonglant avec le travail et le jeu, et Angela et Kent prescrit plusieurs remèdes maison qui ont un effet surprenant.
S06E17 - Terrain miné
John Franklin, co-fondateur avec Walter Park, d'une ONG spécialisée dans le déminage de zones de guerre, marche sur une bombe, dans un parc à Boston. Il est tué sur le coup. Grâce à une photo qui la montre en présence de Riley, Nina retrouve sa cousine Rhonda Hearn, qui a été en contact avec Jo Harris et l'incendiaire de l'appartement de Jane, en prison. Elle est sortie de prison depuis 3 mois. Par ailleurs, Nina trouve des mails menaçants adressés à la victime par Jenny Evans, présente au Cambodge aux côtés de l'ONG de John Franklin. Elle en a démissionné, car les cofondateurs, John et Walter, étaient devenus totalement indignes de cette ONG. Seuls comptaient l'argent et leurs personnes. Mais il apparait que John voulait revenir à son implication de départ et cherchait à réduire les frais de fonctionnement de l'association... Son associé Walter Park approuvait-il ce retour aux fondamentaux ? Alors que Korsac prépare son mariage, Nina a une piste pour l'affaire de Jane : une détenue du nom de Alice Sands, nom de jeune fille MacFaden. Rendus sur place à la prison, Korsak et Jane apprennent qu'elle est sortie depuis 3 jours...
S06E18 - La traque
La fureur, la tristesse et la déception taraudent Jane, au souvenir du visage d'Alice Sands, à l'école de police. Alice sort de 4 ans d'emprisonnement pour détention de stupéfiants. Et la brigade anti-stup n'a jamais réussi à démanteler son réseau. Dans le Maine, un policier est abattu lors d'un contrôle à une station-service : les plaques d'immatriculation étaient occultées par de la boue. La voiture appartient à une certaine Wendy Allen, qui a séjourné à la prison de Framingham. Korsac rend visite au père d'Alice, le meilleur flic de Boston, aux multiples médailles. Mais le père n'est plus en contact avec sa fille. Wendy finit par être arrêtée. Elle révèle qu'Alice a un fils, Eric Stone. Des caméras montrent Alice, entrant au Canada. Le mariage de Korsac a enfin lieu. A la menuiserie du NouveauBrunswick, un van de couleur blanche démarre. Et plus tard, se gare près du Dirty Robber où se déroule enfin la fête du mariage de Vince Korsack avec Kiki...