L'amitié qui lie Jane et Maura est mise à mal lorsque Jane tire sur le père biologique de Maura. Une enquête des affaires internes est diligentée à l'encontre de Jane...
S03E02 - Rancoeur de consoeur
Les tensions entre Jane et Maura continuent de s'amplifier, ce qui pousse leurs proches à essayer de faire un choix entre eux. Mais pour l'heure, ils doivent mettre de côté leurs rancoeurs pour mener à bien une nouvelle enquête. Une étudiante a été retrouvée mort dans un tunnel. Elle a été sauvagement assassinée. Les enquêteurs découvrent que la victime louait une voiture chaque week-end depuis plusieurs mois. Elle avait également dépensé des sommes considérables pour des cours de yoga. Par ailleurs, Frankie Sr est de retour. Il apporte à Angela une nouvelle qui ne manque pas de la bouleverser.
S03E03 - Après le combat
Maura rencontre un homme appelé Dennis d'une façon très originale, ce qui laisse entrevoir une autre facette de sa personnalité. Jane est perturbée lorsqu'elle retrouve quelqu'un de son passé...
S03E04 - La maison de poupées
Le cadavre de Victoria Greene, une jeune femme de 25 ans déguisée en poupée, est retrouvé à un arrêt de bus. Jane et Maura soupçonnent aussitôt Herbert Buckley, un ex-détenu fraîchement libéré de prison, mais cette piste s'avère bientôt être une impasse. Plusieurs autres découvertes similaires suivent. Toutes les victimes portaient cet accoutrement et ont été abandonnées à proximité d'un transport en commun. Jane et Maura se remettent sur la piste du tueur en série, qui semble être un fétichiste obsédé par les poupées de collection. Parallèlement, Angela met en oeuvre de nouvelles idées pour le café, et Jane en apprend plus sur la façon dont Casey a été blessé...
S03E05 - Derrière l'armure
Jane cherche un moyen pour que Maura puisse rencontrer sa mère biologique, le docteur Hope Martin. De son côté, Angela s'implique dans une campagne politique...
S03E06 - Argent facile, plaisir fatal
Jane et Maura enquêtent sur le meurtre d'un riche financier, trouvé mort dans une poubelle, devant un manoir à vendre. Que s'est-il passé ? L'accoutrement de la victime, vêtue d'un manteau et d'un masque, attire l'attention des deux collègues, qui se retrouvent bientôt immergées malgré elles dans l'univers sulfureux des soirées privées. L'homme semble en effet avoir été la cible d'un crime sexuel. Pendant ce temps, Maura fait plus ample connaissance avec sa mère biologique, le docteur Hope Davis, et avec sa demi-soeur. Mais aucune des deux ne sait le lien qui les unit. Maura leur cache toujours sa véritable identité...
S03E07 - Harcèlement textuel
Maura organise un congrès sur les nouvelles techniques balistiques. Dans le même temps, Jane et son équipe enquêtent sur un double homicide ; celui d’un couple de psychiatre, Eve et Rod Parker. Les deux ont été abattus dans le cabinet qu’ils partageaient.
S03E08 - Coupe-gorge
Juste avant de faire son entrée dans l'église où elle s'apprête à épouser l'homme de sa vie, une jeune femme est assassinée. Jane et Maura s'intéressent tout de suite à une ancienne petite amie du fiancée, qui pourrait avoir eu des raisons de souhaiter la mort de la victime. Elles ont également d'autres pistes, parmi lesquelles les liens de la fiancée avec l'Europe, dont elle était originaire. Le meurtre est-il une simple affaire passionnelle, ou bien cache-t-il une histoire beaucoup plus complexe ? Par ailleurs, Jane a un nouveau voisin, qui suscite l'attention d'Angela, Frankie et Frost...
S03E09 - Le plus beau des cadeaux
C’est le jour de l’anniversaire de Jane. Un jeune détenu, Graham Randall, vingt deux ans, sur le point d’être libéré est assassiné dans les douches les deux reins percés à l’aide d’une arme coupante et pointue. Le directeur de la prison, Warden Price, est un ancien avocat avec lequel le lieutenant Jane rizzoli a eu maille à partir dans le passé. Le lieutenant Korsack constate que la victime a été tué selon le mode opératoire de Charles Hoyt. Ce dernier se trouve à l’infirmerie de la prison en train de mourir d’un cancer du pancréas. Il n’aurait pu commettre le crime.
S03E10 - Entreprise familiale
Evan Dunbar est abattu dans la rue d’une balle en pleine tête alors qu’il sortait d’un bar avec son fils Chris. L’assassin s’est contenté d’assommer ce dernier. La victime était commissionnaire en douane. Son fils travaillait avec lui. Dix ans plus tôt, il avait témoigné contre frère Arthur dans une affaire de trafic de cocaïne. Arthur avait été condamné à de la prison ferme. L’homme est sorti six semaines plus tôt. Vengeance ?
S03E11 - La mort au petit-déjeuner
Un homme meurt empoisonné à la mort-au-rat après avoir pris un petit-déjeuner dans la cafétéria où Angela travaille. La victime, qui travaillait pour un distributeur de produits pharmaceutiques, avait dans son portefeuille les coordonnées de Korsak. Ce dernier reprend contact avec sa première épouse pour le bien de l'enquête. De son côté, Tommy veut obtenir la preuve qu'il est bien le père du bébé de Lydia et demande à Maura d'effectuer un test ADN.
S03E12 - Du best-seller au cimetière
Jane et Maura s'attaquent à un suicide suspect. Un jeune écrivain a été retrouvé mort. L'auteur connaissait un succès croissant grâce à ses livres. Tout laisse à croire qu'il s'est donné la mort par pendaison, mais rapidement, le tandem d'enquêtrices découvre que l'histoire ne s'arrête pas là. Parallèlement, Frost décide de réexaminer une ancienne affaire de meurtre. Il est obsédé par ce cas, impliquant un jeune étudiant afro-américain dont l'appel a été rejeté. La nouvelle relation d'Angela est révélée au grand jour par Jane. Au bureau, le capitaine décide d'initier une semaine de la santé. Durant cette période, le café est proscrit...
S03E13 - Amour virtuel
Greg Jensen, artisan brasseur, est sauvagement assassiné à l’arme blanche. L’enquête conduit Jane sur les traces d’un mystérieux adepte des jeux vidéo en ligne, tendance viking. Rondo impose la présence de trois adolescents paumés aux officiers de la brigade, afin de les motiver pour faire carrière dans la police... ou la restauration. Angela excite la jalousie de Cavanaugh en se laissant draguer par l’inspecteur Gibson.
S03E14 - Du foot, des filles et des gâteaux
Un ancien joueur de football américain est assassiné en pleine collecte de fonds pour son ancien club, le BCU. La victime étant un dragueur invétéré, l’enquête s’oriente vers ses anciennes conquêtes. Casey confie sa chienne Elsie à Korsak, pour une durée indéterminée, sans préciser le motif. La mère de Frost s’arme de courage pour annoncer à son fils qu’elle va se remarier. Maura harcèle Jane pour qu’elle accepte son équipe de scientifiques à un entraînement de softball.
S03E15 - Fini les drames
Un homme qui jouait dans une pièce de théâtre amateur est abattu lors d’une répétition par sa partenaire qui pensait lui tirer dessus avec une balle à blanc. L’homme était aussi agent d’entretien dans le Storrow Center, un ensemble de trois bâtiments construit par un riche promoteur, et Jane s’étonne de retrouver un morceau de béton dans sa boîte à outils. Après analyse, il s’agit de béton recyclé, qui causerait des déformations dans la structure de l’édifice. Celui-ci finit d’ailleurs par s’effondrer, piégeant Frost, Tommy et T.J. dans le parking souterrain. Hope est de passage au poste pour savoir si Maura est toujours d’accord pour donner un rein à sa fille Cailin. Maura demande à Jane d’aller voir Casey pour le dissuader de faire une opération qui pourrait lui coûter la vie.