Megan reprend le travail après un long congé. Certains de ses collègues ont quitté l'équipe, remplacés par des nouveaux et elle retrouve un de ses anciens fiancés, qui vient d'intégrer la police de Philadelphie. Avec leur aide, elle enquête sur de nombreux meurtres souvent mystérieux.
Plusieurs mois après la mort de Peter, Megan reprend le travail et retourne à la morgue. Les choses ont changé depuis son départ. Bud a pris sa retraite et Sam est parti en Virginie. Une nouvelle enquêtrice médicale a fait son arrivée au sein de l'équipe. Alors qu'elle travaille sur la mort d'un alcoolique, Megan découvre cinq cadavres dans une chambre. Les hommes, tous des vétérans de la guerre, ont été victimes d'un tueur en série. Megan apprend avec dépit que c'est Tommy Sullivan, un de ses anciens fiancés, qui est chargé d'élucider ce cas. Mais une autre mauvaise surprise attend la légiste : l'assassin a pris sa fille Lacey en otage...
S03E02 - Mortelles retrouvailles - 2ème partie
Le tueur en série a enlevé la fille de Megan, Lacey, pour l'empêcher de poursuivre son enquête. Megan, qui connaît l'identité du kidnappeur, a maintenant les pieds et les poings liés. Si elle révèle quoi que ce soit à ses collègues, sa fille le paiera de sa vie. La légiste, qui a trouvé une bombe dans le corps de la dernière victime, a reçu l'ordre de retirer l'appareil et de le ramener discrètement à son envoyeur. Parallèlement, elle est envoyée dans un parc pour examiner le corps d'une jeune femme, assassinée selon toute apparence pour adresser un message aux enquêteurs. Megan craint qu'il ne s'agisse de sa fille...
S03E03 - Les possédées
Megan doit élucider la mort d'une adolescente, recueillie aux urgences dans un état proche de l'hystérie, faisant penser à une prise d'amphétamines. Lorsque des marques de croix apparaissent sur le corps du cadavre et qu'aucune trace de drogue n'est retrouvée, la légiste refuse de croire à une quelconque présence diabolique au sein de sa famille, très religieuse. Megan et Tommy soupçonnent le père de la victime. Par ailleurs, Kate doit jongler entre sa campagne et son travail...
S03E04 - De père en fils
Le fils de Daniel Russo, un parrain de la mafia new-yorkaise, est tué dans un quartier malfamé. Furieux, le père fait irruption pendant l'autopsie pratiquée par Megan et menace de faire justice lui-même. Bien connu de Sullivan lorsqu'il travaillait pour la police de New York, Russo n'hésite pas à faire abattre un homme soupçonné du meurtre...
S03E05 - La loi du Talion
Un homme, libéré de prison alors qu'il était responsable de la mort d'une fillette lors d'un braquage, est abattu dans un parking. Le père de l'enfant, qui avait juré de se venger, est évidemment suspecté, avant que son alibi ne l'innocente. Lorsqu'un cas similaire se représente, les enquêteurs pensent avoir affaire à un justicier. Dans le cadre de cette enquête, et alors que sa mère a décidé de vendre la maison familiale, Megan fait la connaissance d'un thérapeute spécialisé dans le deuil...
S03E06 - Matriochka
Le docteur Kate Murphy a rencontré le beau et mystérieux Sergei Damanov, un diplomate ukrainien, lors d'une soirée donnée par l'ambassadeur de Russie. Séduite, elle se sent irrésistiblement attirée par cet homme et passe une nuit en sa compagnie. Mais lorsqu'une jeune fille russe est retrouvée assassinée à deux pas de son hôtel, Kate nourrit quelques soupçons à l'encontre de son soupirant. Elle fait appel à Megan pour tirer cette affaire au clair...
S03E07 - La rage au corps
Megan Hunt et Tommy Sullivan enquêtent sur le meurtre sauvage d'une jeune femme, et s'intéressent rapidement à son voisin. Mais celui-ci mord Tommy ; arrêté et examiné, il s'avère atteint de la rage. Lorsqu'un second cas de rage est diagnostiqué, Kate fait appel au Département de la Santé, qui envoie le docteur Stafford pour travailler aux côtés de Megan. Leur enquête permet de déterminer que les deux contaminations proviennent d'un même donneur d'organes et que celui-ci répand le virus de manière intentionnelle...
S03E08 - Sans l'ombre d'un doute
Megan est témoin à charge lors d'un procès pour meurtre. Tommy, lui, doute de la culpabilité de l'accusé, ce qui énerve Megan. Ils se retrouvent le soir pour en discuter. Après quelques verres, Megan quitte les lieux, puis revient pour apercevoir Tommy en pleine conversation avec une jeune femme blonde. Le lendemain matin, Tommy est retrouvé hagard, couvert de sang, auprès du cadavre de l'inconnue. Il n'a aucun souvenir mais tout l'accuse, au point de faire peu à peu douter Megan de son innocence...
S03E09 - L'illusionniste
Accusé d'avoir escroqué ses clients de près d'un milliard de dollars, Gerry Roberts est enlevé au cours de son procès, et exécuté. Une vidéo est aussitôt envoyée à la police. Les enquêteurs doivent déterminer si l'homme n'a pas simulé sa propre mort. Par ailleurs, Megan continue ses recherches sur la mort de son père à partir de la lettre de suicide qu'il aurait laissée...
S03E10 - Psychose
Une jeune fille a été tuée dans un hôpital psychiatrique. Lorsque Megan et Tommy interrogent les autres patientes, l'une d'elles proclame aussitôt que le meurtrier était venu pour l'assassiner, elle. Megan se penche sur l'histoire de cette jeune fille et découvre que sa petite soeur a été victime d'un meurtre...
S03E11 - Blackout
Un marshall tire plusieurs coups de feu à bord d'un avion. L'appareil s'écrase sur Philadelphie, entraînant d'importantes coupures de courant dans toute la ville. Sur les lieux du crash, Megan et le docteur Stafford s'activent, mettent en place une morgue de fortune avant d'emmener certains cadavres au laboratoire pour les examiner. Au laboratoire, l'un des corps disparaît mystérieusement. Partis à la recherche de la queue de l'avion, Sullivan et Riley sont victimes d'un accident de voiture...
S03E12 - Erreur judiciaire
Robert Riley s'évade au cours d'un transfert de prisonnier. Le fugitif avait toujours clamé son innocence concernant le meurtre de sa maîtresse, l'épouse du richissime Emmett Harrington. Déterminé à se venger de ce qu'il croit être un coup monté par le mari trompé, Riley en appelle à Megan, qui avait pourtant témoigné à charge lors de son procès, afin qu'elle rétablisse la vérité. La légiste demande l'exhumation du corps de la victime pour refaire une autopsie...
S03E13 - Passé, présent, futur
Tandis que Kate doit identifier le cadavre d'un homme retrouvé en forêt, Megan consacre tout son temps à l'enquête sur la mort de son père. Ayant obtenu l'autorisation d'exhumer le corps, la légiste constate avec stupeur que celui-ci a disparu. Elle découvre alors que son père enquêtait sur le meurtre d'une jeune femme, qui fut attribué à un tueur en série. Condamné pour d'autres assassinats, ce dernier nie toute implication dans cette affaire...