Alors que les Grands jeux magiques touchent à leur fin, un complot impliquant le projet Éclipse est mis au jour et les esprits du Zodiaque se révoltent.
Gajil révèle à Natsu l'existence d'un cimetière des dragons. Natsu et les autres vont pouvoir en apprendre plus sur l'espèce disparue quelques années auparavant.
S05E02 - Le Projet Éclipse
La vérité sur Éclipse est finalement révélée à Natsu et aux autres, mais Lucy, Yukino et Arcadios sont capturés et enfermés par les gardes du palais.
S05E03 - La stratégie des fées
Les combats de la dernière journée du tournoi commencent, mais Fairy Tail reste étrangement en retrait. Une stratégie supervisée par Mavis se met alors en marche.
S05E04 - Grey vs Rufus
Pendant que le groupe de Natsu cherche une solution pour s'enfuir du palais, Grey affronte Rufus.
S05E05 - L'ordre des loups affamés
L'équipe de Natsu, toujours bloquée dans les souterrains du château, trouve Arcadios gravement blessé. Soudain, l'Ordre des Loups affamés apparaît devant eux.
S05E06 - Fairy Tail vs. les Bourreaux
Après avoir détruit une plante carnivore, Natsu et les autres sont séparés et doivent affronter les cinq Bourreaux séparément. Lucy, Yukino, Arcadios, Carla et Happy se retrouvent face à Uosuke.
S05E07 - Une mer de lave
Lucy et Yukino, qui ont retrouvé leurs clés, peuvent affronter Uosoke à l'aide de leurs esprits célestes, mais le combat est toujours serré.
S05E08 - Le pays où nous sommes
Le combat atteint son apogée dans le palais de l'enfer. Natsu et les autres viennent finalement à bout de l'Ordre des Loups affamés.
S05E09 - Le pays d'encore un lendemain
Alors qu'Erza va combattre contre Kagura et Minerva, Jubia affronte Cheria. La princesse Jade parle d'Éclipse 2. Natsu et les autres rencontrent la Lucy du futur.
S05E10 - Erza vs Kagura
En réalité, la Lucy du futur est revenue dans le temps pour empêcher certains événements. Erza et Kagura s'affrontent afin de décider qui viendra à bout de Minerva.
S05E11 - Un futur lancé vers le désespoir
Les combats du tournoi continuent. L'équipe de Natsu réussit à sortir du palais de l'enfer, et la Lucy du futur leur révèle l'avenir qui les attend.
S05E12 - La grenouille
Gajil est toujours aux prises avec Rogue, mais alors que le membre de Saber Tooth est en difficulté, une mystérieuse ombre prend le contrôle de son corps.
S05E13 - Furieux éclair !
Arcadios se rend compte que la Lucy du futur et la princesse Jade se contredisent. Alors qu'Orga est défait, un combat acharné s'engage entre Jura et Luxus.
S05E14 - Gloria
Fairy Tail vient à bout des derniers concurrents et décroche la victoire du grand tournoi de la magie. Pendant ce temps, le plan Éclipse 2 est sur le point d'être lancé.
S05E15 - Celle qui fermera la porte
Le Rogue du futur apparaît devant Natsu et les autres, toujours aux prises avec les gardes du palais. Il veut en finir avec Lucy afin d'assurer la réussite de son plan.
S05E16 - Natsu vs. Rogue
Natsu, fou de rage, affronte le Rogue du futur. Les guildes se préparent à riposter contre les dragons, et Lucy s'apprête à entraver l'ouverture des portes d'Éclipse.
S05E17 - Pour deux
Lucy décide de fermer les portes d'Éclipse car les dragons traversent un à un le portail, mais sept dragons sont parvenus à rester dans le monde actuel.
S05E18 - Sept dragons
Le Rogue du futur expose ses terribles desseins à Natsu. En découvrant ceux-ci, Natsu comprend que les chasseurs de dragons seront très utiles dans cette bataille.
S05E19 - La magie de Jilkonis
Quand Zilkonis utilise sa magie d'humiliation, tous les soldats ainsi que Lucy se retrouvent nus. Avec l'aide de Mirajane, Wendy prend la décision d'affronter Zilkonis.
S05E20 - Humain vs. humain, dragon vs. dragon, humain vs. dragon
Natsu a trouvé une stratégie qui consiste à avaler les flammes du dragon de feu. Pendant ce temps, le combat contre les dragons continue.
S05E21 - Crime et sacrifice
Ultia révèle à Miliana que c'est elle qui a tué Simon en manipulant Gerald. Différents mages de la guilde de Fairy Tail sont mis en difficulté par les mini-dragons.
S05E22 - Temps de vie
Après la mort de Grey et d'autres membres de la guilde, Ultia décide d'utiliser une technique qui permet de revenir dans le temps, mais elle doit sacrifier sa vie.
S05E23 - Prairie d'or
Natsu met fin à la bataille des dragons en parvenant à vaincre le Rogue du futur et à détruire le portail Éclipse.
S05E24 - Le grand bal
Quelques jours après le grand tournoi de la magie et la bataille des dragons, les mages sont invités à une grande fête.
S05E25 - Gouttes de temps
Le grand tournoi de la magie enfin terminé, il est temps pour Fairy Tail de retourner à Magnolia. Gerald et Meldy recherchent Ultia, qui a disparu pendant la bataille.
S05E26 - Cadeau
De retour chez eux, les membres Fairy Tail sont acclamés par les habitants. Lucy, Natsu et Happy partent ensuite chasser une créature géante dans un village sous la boue.
S05E27 - Bienvenue chez toi Frosch !
Sting et Rogue de Saber Tooth espionnent Frosch, qui s'est perdu, mais ce dernier va les entraîner dans tout Magnolia jusqu'à ce qu'ils en perdent presque espoir.
S05E28 - Moulin Rouge
Lorsqu'elle apprend que quelqu'un se fait passer pour un mage de Fairy Tail afin d'obtenir des choses en instaurant la peur, Erza décide de lui donner une leçon.
S05E29 - Tout pour vous satisfaire !
Lucy invoque chacun de ses esprits pour réaliser un de leurs souhaits. Accompagnée de Natsu, Yukino et Happy, elle va en voir de toutes les couleurs.
S05E30 - Le Signal de la révolte
Lucy découvre que les esprits de ses clés d'or ne répondent plus à son appel et attaquent Lucy et Natsu. Ils ont rompu leur contrat avec la constellationniste.
S05E31 - Panique à la bibliothèque !
À la bibliothèque, Lucy, Yukino, Reby et Happy découvrent que les esprits veulent utiliser un sort capable de libérer les esprits mais qu'ils ont besoin du globe céleste.
S05E32 - Jade se lève !
Jade et Arcadios annoncent aux Fairy Tail que la porte Éclipse est responsable du changement d'attitude des esprits célestes, mais Jade a créé de nouvelles clés.
S05E33 - Astral Spiritus
Les 12 esprits utilisent le Liberum pour recouvrer leur liberté, mais Natsu et d'autres membres de la guilde essaient de les arrêter.
S05E34 - Wendy vs. Aquarius. Jouons au parc d’attractions !
Natsu se bat contre Loki, et Kanna, Lucy et Mirajane sont confrontées à d'autres adversaires. Wendy se retrouve contre Aquarius dans un parc d'attractions.
S05E35 - Cartes de la Guilde vs. Cartes des Esprits
Reby commence le quiz contre Caprico, Mirajane bat Pisces, et Kanna affronte Scorpio en utilisant des cartes qui invoquent des illusions des membres de Fairy Tail.
S05E36 - Grey vs. Cancer, Dance Battle !
Alors que Natsu, Happy, Wendy et Carla recherchent Loki, Kanna bat Scorpio, et Grey parvient rapidement à bout de Cancer. Jade et Arcadios remarquent une nouvelle porte.
S05E37 - Jubia vs Aries, combat mortel dans le désert !
Reby remporte le quiz face à Caprico. Natsu, Wendy, Happy et Carla tombent sur Ophiuchus en infirmière. Jubia vainc Aries. Jade et Arcadios s'interrogent sur Loki.
S05E38 - Erza vs Sagittarius, la joute finale !
Gajil vient à bout de Gemini, Erza remporte deux des trois épreuves face à Sagittarius, et Loki est sur le point d'activer Liberum.
S05E39 - Natsu vs. Leo
Natsu bat Loki, mais le globe céleste est toujours actif.
S05E40 - Ophiuchus le Serpentaire
Lucy et Yukino battent Virgo et Libra mais, dès que les douze portes sont fermées, Ophiuchus révèle que cela donnera de la puissance au roi des esprits célestes.
S05E41 - Des étoiles filantes plein le ciel
Les mages de Fairy Tail tentent de stopper Liberum Verus en détruisant la Trinité. Les constellationnistes utilisent un sort pour briser le globe céleste.
S05E42 - La bête céleste
L'esprit céleste bestial est le roi des esprits célestes. Les mages de Fairy Tail se rendent dans le monde des esprits célestes pour le vaincre.
S05E43 - Croire
Natsu a libéré le roi des esprits. Le monde des esprits est redevenu normal, les esprits célestes ayant perdu leurs souvenirs de leur forme d’Éclipse.
S05E44 - Ce qui tisse la sincérité
Sous la demande de Biska et Arzak, Natsu et Lucy se retrouvent à garder Asuka le temps que ses parents reviennent de mission.
S05E45 - 413 jours
Jubia décide, sur les conseils d'Erza, d'offrir un cadeau à Grey pour fêter le 413e jour de leur rencontre.
S05E46 - Le Dédale Blanc
Natsu, Lucy et Happy partent en mission au mont Hakobe pour récupérer de la glace aux propriétés magiques.
S05E47 - Transformation !
Natsu, Happy et Lucy essaient avec l'aide de Mirajane d'avoir le pouvoir de se transformer en de multiples choses.
S05E48 - Kemokemo arrive !
Après avoir terminé une mission, un œuf tout droit tombé des cieux atterri sur la tête de Natsu. Celui-ci décide de le couver à l'aide d'Happy.
S05E49 - L'endroit d'où tu viens
Fairy Tail et Saber Tooth arrivent donc sur l'île pour voir de plus près quelles choses dangereuses elle cache. C'est alors qu’apparaît un serpent des mers gigantesque qui attaque les mages.
S05E50 - L'homme de foudre
Une mission est confiée à Fairy Tail, cependant, celle-ci est exclusivement pour Luxus.
S05E51 - Fairy Tail of the Dead Bôôôôôôôô
Suite à une maladresse d'Ichiya, un de ses parfums est tombé et s'échappe dans l'air. Il se propage partout en ville, ce qui a pour effet de transformer les gens en zombies.