Un agent de sécurité est tué sur le parking d'un centre commercial dont la bijouterie a été cambriolée. Par ailleurs, le bijoutier a disparu. Marty Eels, un détective, arrive sur les lieux du crime et trouve des indices là où Monk n'a rien vu. Stottlemeyer, épaté, décide d'employer Eels à la place de Monk.
S04E02 - Monk rentre à la maison
Un convoyeur de fonds qui avait fait une pause pour déjeuner sur un parking de supermarché se fait tuer. Monk ne peut prendre part à l'enquête car il doit se rendre chez son frère Ambrose. Ce dernier a reçu un appel de leur père qu'ils n'ont pas revu depuis des années et qui a promis de passer les voir ce jour-là.
S04E03 - Bonk est enrhubé
Lorsqu'un livreur de pizzas lui rend accidentellement un billet de cinquante dollars pour monnaie, Natalie se lance à sa poursuite pour lui rendre son argent. Elle découvre alors avec effroi que celui-ci vient d'être assassiné. Mais est-ce bien le cas ? En effet, la photo de la victime ne ressemble en aucun cas au livreur de pizzas. Alors que Stottlemeyer et Disher concentrent leurs efforts sur le meurtre d'un juge et que Monk a la grippe, Natalie ne sait plus vers qui se tourner pour enquêter sur la mort du livreur. Laissant à Julie la tâche de veiller sur Monk, elle décide de résoudre cette affaire elle-même.
S04E04 - Monk et ses collègues
Un gardien de parking est attaqué par un inconnu qui en profite pour s'en prendre à sa vraie cible, Warren Kemp, un analyste financier. Il s'arrange pour coincer sa main droite dans sa voiture afin que la victime ne puisse pas voir son visage. Warren ne reconnaît pas la voix de l'individu qui s'adresse à lui. Warren pense, néanmoins, que son agresseur fait partie de ses employés et demande à Monk de se faire passer pour un membre de son personnel afin d'enquêter secrètement au sein de son lieu de travail pour démasquer son agresseur. Monk accepte volontiers la proposition de Warren. Ses soupçons se portent bientôt sur Chilton Handy, un homme aussi déplaisant qu'impopulaire parmi les autres employés. Tout comme celui qui a brutalisé Warren, il prend un malin plaisir à mettre des cure-dents dans sa bouche et n'a qu'une seule idée en tête : gagner le tournoi de bowling organisé par le bureau. Voilà pourquoi il aurait éventuellement pu vouloir blesser Warren à la main droite.
S04E05 - Monk ne marche pas droit
Monk se rend dans l'auberge où lui et Trudy ont passé leur lune de miel. Alors qu'il tente de se remémorer certains souvenirs, un inconnu s'installe à sa table et se présente comme Larry Zwibell. Il l'invite à se joindre à d'autres invités pour une partie de poker. Indisposé après avoir seulement bu un verre de vin, Monk quitte la pièce et va se coucher. Le lendemain, Zwibell n'est plus là et personne ne semble se souvenir de sa présence.
S04E06 - Monk et sa femme
Monk réalise qu'il va beaucoup mieux. Stottlemeyer décide de l'aider à réintégrer la police. Au même moment, Nathalie intercepte une conversation entre un homme dénommé Zach Ellinghouse et une femme appelée Trudy, qui présente de fortes ressemblances avec l'ancienne femme de Monk...
S04E07 - Monk va à la noce
Natalie ne souhaite pas se rendre seule au mariage de son frère et demande à Disher de l'accompagner. Dès leur arrivée à l'hôtel où se déroule les festivités, Disher est renversé par une voiture, appartenant à l'un des proches de Natalie, qui prend la fuite. Sérieusement blessé, il a évité le pire grâce aux valises qu'il portait. Un seul indice vient identifier le conducteur : il portait une casquette rouge et de la boue était visible sur son véhicule. Par ailleurs, le photographe en charge du mariage, a disparu. Le capitaine Stottlemeyer décide de prendre sa place afin de pouvoir mener l'enquête et demande à Monk de venir avec lui.
S04E08 - Monk et le petit Monk
Lorsque la riche et séduisante Sherry Judd vient le voir pour lui demander son aide, Monk se revoit en avril 1972, époque à laquelle ils étaient ensemble en cours. La femme de ménage de Sherry a été assassinée, sa maison cambriolée et l'un de ses tableaux barbouillé. Une empreinte laissée sur le mur et une marque de sang laissent à penser que ce carnage est l'oeuvre d'amateurs.
S04E09 - Monk et le cadeau empoisonné
Peu avant Noël, une soirée est organisée au commissariat. A cette occasion, chacun doit offrir un cadeau à un collègue dont il a tiré le nom au hasard. Stottlemeyer perd le cadeau qu'il devait offrir à Chasen et lui offre, en échange, une bouteille de porto que quelqu'un avait déposé le matin même pour lui à l'accueil. Chasen boit un verre du Porto et meurt empoisonné.
S04E10 - Monk fait la mode
Monk doit faire face à une grave crise : il n'a plus que cinq chemises dans son armoire. En effet, sa "contrôleuse" de chemises attitrée, Maria Ortiz, qui fait d'habitude son travail avec une perfection exemplaire, vient de laisser passer plusieurs modèles avec des défauts. Sentant que quelque chose ne va pas, Monk décide d'aller lui rendre visite dans l'usine où elle travaille. Maria lui avoue alors que son fils, Pablo, vient d'être emprisonné, accusé d'avoir assassiné un top-modèle. Pourtant, celle-ci est sûre que son fils est innocent. Effrayé à l'idée de ne plus avoir sa chemise favorite, Monk accepte d'enquêter sur cette affaire...
S04E11 - Monk oublie tout
Lors d'un rendez-vous avec un homme qui prétend pouvoir lui donner des informations concernant la mort de Trudy, Monk prend un coup sur la tête et se réveille, le lendemain matin, sur la remorque d'un camion dans une petite ville du Wyoming, souffrant d'amnésie. Une résidente excentrique du nom de Cora le persuade qu'il est son nouveau mari, Jerry. Même s'il ne sait pas qui il est, Monk est toujours Monk.
S04E12 - Monk et le mari trompé
Alors qu'ils se trouvent sur les lieux d'un meurtre, le capitaine Stottlemeyer donne un coup de poing à un policier nommé Ryan Sharkey qui prétend être l'amant de sa femme, Karen. Le seul témoin du drame, un sans-abri, a disparu mais Stottlemeyer soupçonne l'homme d'affaires Michael Karpov, soupçonné de blanchir de l'argent, d'avoir assassiné la victime qui s'apprêtait à témoigner contre lui. Relevé de l'affaire, Stottlemeyer demande à Monk et Natalie de suivre sa femme qu'il soupçonne de lui mentir. Ils découvrent, en effet, que Karen a un déjeuner avec un homme. Par ailleurs, le témoin du meurtre a été assommé et jeté du troisième étage d'un immeuble mais a survécu à sa chute.
S04E13 - Monk dans la course
Alors qu'il n'ont pas mené d'enquête depuis trois semaines, Monk et Natalie n'ont plus du tout d'argent. Ils décident donc de partir à la recherche du célèbre diamant d'Alexandre, un joyau d'une valeur inestimable qui vient d'être volé. En effet, la récompense s'élève à un million de dollars pour celui qui le retrouvera. Malheureusement, ceux-ci sont en concurrence avec de nombreux autres détectives dont un ancien investigateur de Scotland Yard, un chasseur de primes et un détective privé.
S04E14 - Monk et l'astronaute
Monk doit résoudre une affaire très complexe. Une femme qui venait de rédiger une biographie d'un célèbre astronaute est, en effet, retrouvée morte chez elle. Si tout laisse à penser qu'elle s'est suicidée, Monk est convaincu qu'elle a été assassinée. L'astronaute est le premier suspect, mais il était dans l'espace au moment du meurtre...
S04E15 - Monk va chez le dentiste
Alors que son dentiste vient de l'anesthésier, Randy Disher croit entendre une dispute éclater entre le praticien et un homme. Le lendemain, l'homme qu'il est persuadé d'avoir vu au cabinet est retrouvé mort. Disher est convaincu d'avoir été le témoin impuissant d'un meurtre. Celui-ci se précipite chez Stottlemeyer pour lui faire part de ce qu'il s'est passé mais ce dernier ne le croit pas. Furieux, Disher décide de demander à Monk de résoudre cette affaire.
S04E16 - Monk est juré
Monk est convoqué par le tribunal pour être juré dans une affaire de vol avec agression qui semble "simple". Pourtant, Monk découvre bientôt des indices prouvant que le suspect n'est pas coupable. La délibération prend donc plus de temps, au grand dam des autres jurés qui pensaient rentrer vite chez eux. Stottlemeyer, qui vient de procéder à l'arrestation d'un important trafiquant de drogue, est contraint de remettre son prisonnier au FBI. L'échange doit avoir lieu dans l'enceinte du tribunal.