Les nuiteux sont inquiets ; ils sont en effet tous convoqués pour l'affaire Lefort devant le conseil de discipline au Ministère de l'Intérieur, le très redouté «Tourniquet». Blanche sait qu'elle risque une sanction, mais elle sait aussi que Franklin est là. A travers Blanche, Viking se doute que le commissaire Bragance veut éliminer Franklin, histoire de régler une vieille affaire personnelle. Viking craque et insulte Bragance. Il est provisoirement suspendu de ses fonctions et contraint de faire une thérapie. De retour au Central, Franklin fait la connaissance du nouvel officier qui remplace Julien. C'est Lucien dit Lulu, un provincial fraîchement affecté dans la capitale. Lulu n'a même pas le temps de se présenter, que sa première affaire est là : trois individus viennent de simuler un accident pour s'emparer d'une luxueuse berline
S03E02 - Récidive
Un cambriolage a eu lieu dans l'appartement de Madame Davrat, la substitut du procureur. Son fils Jérémie, 16 ans, a été tabassé après avoir poignardé l'un des deux voleurs. La serrure de l'appartement n'a pas été forcée et Franklin découvre que Jérémie est un drogué. La situation se complique quand Franklin retrouve les deux voleurs, eux aussi mineurs. Ces derniers lui expliquent qu'en réalité, ils étaient venus récupérer l'argent que Jérémie devait à son fournisseur de drogue et que lui-même est dealer dans son lycée
S03E03 - Violences illégitimes
Un enfant est tué à la sortie d'un cinéma par le conducteur d'une voiture diplomatique. Le chauffard ne s'arrête pas, mais un témoin parvient à noter le numéro d'immatriculation de la voiture. Révolté par ce drame, Franklin décide de ne pas prévenir le Quai d'Orsay comme le voudrait la procédure... L'Ambassadeur fait mine de coopérer et oblige l'un des employés de l'Ambassade à s'accuser à la place de son fils, qui est responsable de l'accident mortel.
S03E04 - Les fleurs de bitume
Les prostituées qui travaillent sur les Boulevards des Maréchaux commencent à excéder les riverains qui ont créé un comité pour chasser les filles en stigmatisant leurs clients. Le comité est animé par Edmond Margol, un partisan de la tolérance zéro qui veut éradiquer les «jeunes femmes» au nom de la morale publique. Un soir, Margol va jusqu'à incendier l'estafette d'une prostituée, Manuela, alors qu'elle dormait sur la banquette arrière. Tandis que le Central essaie de confondre Margol, un homme, déguisé en garçon d'étage, visite les chambres d'un hôtel de luxe. Il s'agit de Lefort, un voleur audacieux qui s'avère être l'ancien compagnon de Blanche.
S03E05 - Le bruit des murmures
Le central attend la remplaçante de Viking, Anne Dumont. Lorsque celle-ci arrive, elle est accompagnée d'un suspect : il s'agit de l'un des agresseurs d'Eric, un adolescent en fauteuil roulant... Mais Franklin note des détails troublants dans l'attitude de la victime, un garçon "bien sous tous rapports" qui vit avec sa mère recluse que personne n'a plus vue depuis des mois... Il craint que ce banal fait divers ne cache un autre drame, surtout quand le second agresseur est laissé pour mort par des motards à la recherche d'un mystérieux paquet.
S03E06 - Rien ne va plus
Une équipe de malfaiteurs chevronnés dérobe plusieurs centaines de téléphones et d'ordinateurs portables dans une zone de fret. Un témoin des faits permet l'arrestation d'une figure de proue du grand banditisme, «Le Petit Michel». Rompu aux techniques policières, ce dernier accuse Franklin d'avoir fabriqué un faux témoignage pour mieux le confondre. Parallèlement, Lulu entretient une liaison dangereuse avec Tzveta, une prostituée qui se fait surprendre en flagrant délit de vol chez un client.