John, désespéré, comprend qu' il a été manipulé et escroqué par Brooks Chambers. Il décide de rentrer à la base de l' A.F.I. pour trouver et tuer tous ceux qui l'on trahit...
S02E02 - La Recrue
Alors que John reprend confiance en Sergio Zarkofski, ils décident d'engager un nouvel agent, plus performant que les autres. John va voir Tara, sa chère amie, pour obtenir quelques renseignements.
S02E03 - Mort sur le Mississippi
John a engagé Kyle Croger, tandis que Sergio a engagé Milton Powell, un informaticien très doué qui parvient à retrouver Brooks Chambers, il serait à bord de L'Emily, un bateau à roue appartenant à Skip Muldoon. Le voyage de John et Kyle ne sera pas de doux repos...
S02E04 - Retrouvailles
John et Kyle apprennent que Brooks a quitté le navire, ils décident donc de suivre Skip Muldoon jusqu'à sa villa et essayer d'interroger le capitaine Muldoon.
S02E05 - Le XIIème amendement
John reçoit un appel de Maureen Loys lui demandant d'assassiner le Vice-Président des États-Unis mais il refuse alors que Kyle accepte de réaliser le contrat. Il part en direction de la Maison Blanche alors que Maureen Loys rappelle en disant qu'elle est mise sous pression...