Un agent proche d'Annie Walker se fait tuer sous ses yeux. De cette attaque va s'en suivre de nombreux bouleversements au sein de l'agence.
S03E02 - A deux, c'est mieux
Annie et Auggie se rendent ensemble à Barcelone pour intercepter un redoutable hacker, qui tente de vendre un virus informatique aux autorités chinoises.
S03E03 - Voyage en mer rouge
Annie, Joan et Lena mettent leurs problèmes de côté quand Auggie s'attire des ennuis en rendant visite à Parker en Afrique.
S03E04 - Le sel de la vie
Alors qu'Annie essaie d'être gentille avec un agent du FBI pour obtenir des informations concernant un cambriolage, Simon se révèle être aux Etats-Unis...
S03E05 - L'espionne qui l'aimait
Auggie est arrêté après avoir été impliqué dans une bagarre. Les conséquences sont lourdes car il perd tous les avantages de sa récente promotion.
S03E06 - Le roi et le pion
Pour faire face à la perte de Parker, Auggie voit quelqu'un. Pendant ce temps, Annie essaie de convaincre le chef de cabinet du Premier ministre du Yémen, victime d'une crise cardiaque, de collaborer avec la CIA, malgré les avertissements du ministère des Affaires étrangères...
S03E07 - L'échappée belle
Munie d’un faux passeport que lui a procuré Lena, Annie part en voyage à Cuba avec Simon. Lors de cette semaine qui s’annonçait paradisiaque, la jeune femme fait la connaissance d’Hector Serrano. Simon le présente comme un ami et un associé, mais en réalité, il s’agit d’un ancien tueur à gages, agent du F.S.B., basé à Cuba. L’homme se méfie d’Annie et veut la supprimer. Simon tue son acolyte pour protéger la femme qu’il aime.
S03E08 - L'étau se resserre
Arthur se fait une priorité de ramener Simon quand il apprend que Jai enquêtait sur lui au moment où il est mort. Annie demande à être chargée de la mission dans le but de garantir la sécurité de Simon...
S03E09 - Une coupable idéale
Après avoir tiré sur Simon, Lena parvient à s'échapper. Annie est emmenée d'urgence à l'hôpital pour être opérée. Arthur pense qu'elle est une traîtresse.
S03E10 - Agent double
Plusieurs mois après la fusillade, Annie décide, contre l'avis de tous, de partir à la recherche de Lena pour se venger. Celle-ci se trouve à Moscou, en Russie.
S03E11 - Les vrais amis
Annie est capturée par les Russes après avoir fini sa mission. De son côté, Auggie et un vieil ami mettent à exécution un plan pour la faire échapper.
S03E12 - Triple jeu
Annie est à nouveau amenée à travailler avec Eyal car la CIA et le Mossad sont sur les traces d'un espion enquêtant sur un magnat du pétrole.
S03E13 - Cible prioritaire
Informée de l'existence d'une menace terroriste, Annie dispose de quelques heures seulement pour convaincre la CIA d'agir. L'ex-fiancée d'Auggie refait surface.
S03E14 - Faux et usage de faux
La commission d'enquête du sénateur Kelly convoque Arthur. Celui-ci est sommé d'expliquer ce qui s'est passé lors de l'attaque menée contre Khalid Ansari.
S03E15 - Le piège
Annie échappe de peu à un piège tendu par Khalid Ansari. Elle se rend alors en Suisse, avec Eyal, pour tenter de le retrouver et de se venger.
S03E16 - Chimère
Annie hésite à trahir l'agence pour sauver Eyal, mais Auggie lui vient en aide. Henry Wilcox sort de prison : il a Arthur et Joan dans sa ligne de mire.