Des citoyens modèles sont soupçonnés d'avoir commis une série de meurtres. Jonathan, grâce à ses recherches, découvre qu'un chaînon appelé le Marchand de Sable peut occuper le corps de n'importe qui. Nick et Kate commencent leur enquête avec l'aide de Carl, capable de reconnaître toute personne possédée par le monstre.
S02E02 - Le caméléon
Alors que des meurtres sont commis à Chicago, la plus grande frayeur de Nick refait surface : le Caméléon, monstre capable de lire dans les pensées et de prendre n'importe quelle forme humaine. A l'époque, le Caméléon avait tué Julie, son ancienne partenaire, simplement pour le plaisir.
S02E03 - Fontaine de jouvence
Un jeune mannequin est retrouvé mort dans sa chambre d'hôtel de Chicago : il semble avoir succombé à la vieillesse. Cet indice confirme la présence d'une sorcière avide de jeunesse. Nick et Kate font d'Isabelle, une jeune chef d'entreprise, la principale suspecte de ces crimes.
S02E04 - Le tueur invisible
Alors qu'ils enquêtent sur le meurtre d'une jeune babysitter, le capitaine Page annonce à Nick et Kate qu'un homme doit être bientôt exécuté pour le meurtre de sa femme. Mais son fils avait affirmé, sept ans auparavant, qu'un croque-mitaine était le coupable. Reste à savoir comment empêcher la mort d'un innocent et capturer le monstre nocturne, seulement visible des enfants.
S02E05 - Le roi des chaînons
Au quartier général de l'unité, c'est la panique à l'approche d'Halloween : cette nuit, les chaînons pourront sortir librement sans avoir à se cacher. C'est pourquoi Jonathan et Carl tentent de relever les menaces les plus immédiates. L'une d'elles est l'évidente résurrection des quatre plus dangereux gangsters de Chicago, grâce au roi des chaînons. Et comme le dit la légende, seul celui qui connaît son nom peut le capturer.
S02E06 - Corps de pierre
Kate et Nick sont appelés en urgence pour élucider la mort d'un homme pétrifié. Tout semble accuser deux Gorgones, au regard mortel. Comme celles-ci choisissent leurs victimes dans des clubs de rencontre, Nick décide de se rendre dans l'un d'eux pour les piéger.
S02E07 - Le dragon
Une série d'incendies inexpliqués ravage Chicago. Sur l'affaire, Nick et Kate découvrent, avec l'aide de Jonathan, que le pyromane n'est autre qu'un terrible dragon américain. Parmi les membres de l'Unité Spéciale, Carl est le seul à savoir comment le combattre.
S02E08 - L'ogre
Lorsqu'une série de meurtres est commise sur des streapteaseuses, l'Unité spéciale 2 soupçonnent un ogre d'en être l'auteur. Plus précisément, il s'agirait de Jack l'Eventreur, venu d'outre-tombe pour traquer ses victimes, et tuant chaque jour pour se nourrir. Lors de l'enquête, Kate tombe sous le charme de l'inspecteur David Scott, en charge de l'affaire depuis les premiers meurtres et déterminé à faire cesser les crimes...
S02E09 - Le mur
Alors que le capitaine Page prend deux jours de vacances pour se retirer dans sa cabane de pêcheur, Kate emmène Nick à une réunion d'anciens élèves du lycée. A l'époque, lors de la remise des diplômes, Kate s'était ridiculisée en affirmant avoir vu des monstres. A la soirée, elle saisit que le chaînon en question, un revenant, erre toujours entre les murs de l'école. Plus inquiétant encore, ces fantômes sont nombreux et tuent pour exprimer leur colère contre le projet destruction du bâtiment...
S02E10 - L'épouvantail
Disparu depuis des centaines d'années, l'épouvantail est soudain réveillé. Ce chaînon méconnu amplifierait son pouvoir en se nourrissant de la peur de ses victimes. Nick et Kate doivent le maîtriser avant qu'il ne parviennent à tuer. Pour cela, il leur faut s‘armer de courage et de sang-froid pour renverser le rapport de forces. Justement, en parallèle, Nick est contraint de suivre un stage de maîtrise de la colère.
S02E11 - Le chérubin
Afin de ramener le juge Arpano à la raison, l'US2 doit retrouver le chérubin qui l'a gazé de son filtre d'amour, rendant l'homme de loi clément et inconscient des criminels qu'il remet en liberté. Seulement, l'ange est poursuivi par un Zaybar avide de vengeance qui contrarie le bon déroulement de l'enquête. De plus, la compagnie d'un Cupidon hypocondriaque, narcissique et névrosé ne facilite en rien la collaboration de Kate et Nick avec ce chaînon.
S02E12 - Le joueur de flûte
Une vague de cambriolages irrésolus frappent Chicago et manifestement, les vidéos surveillance montrent que les braqueurs sont des enfants. Kate et Nick sont donc à la recherche d'un chaînon manipulateur, présentant les mêmes caractéristiques que le joueur de flûte. Les quelques indices mènent alors jusqu'à la vedette télévisée des tous petits, Arnie, personnage jamais aperçu sans son costume. Au grand damne des agents que les comptines enfantines insupportent, l'US2 n'a plus qu'à infiltrer les proches du personnage médiatique...
S02E13 - Le génie du mal
La petite amie de Nick, Zoe, lui offre une clé de son appartement. Troublé, Nick est sauvé par un coup de téléphone de l'Unité Spéciale. Il doit rejoindre le quartier général pour enquêter sur un génie, nommé Nathalie, qui a la capacité de se transformer en gaz pendant 18 secondes. Il faut la stopper avant qu'elle ne réalise les 300 voeux qui lui rendraient sa liberté.