Les rebelles contrôlent une station de radio. Ed et Scar s'échappent des mains des soldats et retrouvent Envy. Roy veut se venger de la mort de Hughes.
S05E02 - La terre brûlée
Roy et Hawkeye déjouent les pièges d’Envy. Affaibli, l’homonculus prend la forme d’un lézard. Ed, Scar et Hawkeye décident alors de protéger Roy contre la haine.
S05E03 - L'éthique de vie de ces adultes
Alors que Buccaneer et les troupes de Briggs contrôlent le quartier général et qu'Armstrong et Olivier affrontent Sloth et les soldats, des sauveurs apparaissent.
S05E04 - Le retour du Führer
Hohenheim tente de détruire l’enveloppe de l’homonculus et Bradley décime les troupes de Briggs. Alors que Buccaneer est blessé, Greed vient accomplir sa vengeance.
S05E05 - Repos éternel
Ed, Roy et les autres continuent de chercher Père, mais sont attaqués par un mystérieux docteur. De leur côté, Greed et Fu continuent d’affronter Bradley.
S05E06 - Sacrifices humains
Alors que Greed pousse Bradley dans le vide, Ling arrête la contre-attaque des soldats de Central. Ed, Al et Izumi se retrouvent face au Père.
S05E07 - Lumière perdue
Zampano et May viennent secourir Roy et Riza. Alors que la situation semble rétablie, Pride et Bradley forcent Roy à accomplir la transmutation humaine.
S05E08 - L'œil du Ciel, la porte de la Terre
Malgré les sacrifices humains, Ed, Al et May tentent le tout pour le tout. Scar et Bradley se battent en duel. Le Führer est affaibli, mais domine l’Ishval.
S05E09 - Celui qui avale Dieu
L’homonculus réussit à ouvrir la Porte des Cieux. Alors que tout espoir semble perdu, la transmutation s’enclenche. Scar et Bradley s'affrontent dans un terrible duel.
S05E10 - Contre-attaque déchaînée
L'homonculus ayant perdu les âmes d’Amestris tente de s'emparer d'autres âmes. Les survivants l’attaquent, mais le petit être de la fiole riposte.
S05E11 - De l'autre côté de la porte
L’heure de l’ultime bataille a enfin sonné. De son issue dépendra le sort d’Amestris.
S05E12 - La fin du voyage
Le long périple d’Edward et Alphonse touche à sa fin.