Le commissaire principal Pierre Cordier enquête sur la mort par balle de Yves Marlot, directeur d'un centre pour toxicomanes et ancien capitaine de la Mondaine. Marlot a récemment partagé la vie de Claire Février, une ancienne stagiaire de Cordier devenue commandant à la Crime. Après sept ans, les retrouvailles entre Claire et Cordier sont donc assez chaleureuses pour qu'ils demandent au juge d'enquêter de concert sur cet homicide. La première piste les mène chez Pujol, le frère d'une jeune pensionnaire du centre qui s'est suicidée quelques semaines auparavant. Pujol tenait Marlot pour responsable de ce qui est arrivé à sa soeur et l'avait menacé.
S02E02 - Rapport d'expertise
Juliette Garcin, une jeune neurologue, a été sauvagement assassinée dans son cabinet. Fabrice Fernez, l'un de ses patients, atteint d'une forme sévère d'épilepsie, a été vu en train de fuir la scène du crime, les vêtements tachés de sang. Cordier et ses hommes se lancent aussitôt à sa recherche. Pourtant, le commissaire est convaincu qu'il ne s'agit pas d'un criminel comme les autres car Fernez représente autant une menace pour lui-même que pour autrui.
S02E03 - Toutes peines confondues
Maître Paul Ferrer, l'un des plus brillants avocats de l'Hexagone, vient de faire acquitter le médecin accusé d'avoir causé la mort de la petite Nadia Ramos afin de tester un médicament non homologué. Le verdict est perçu comme un scandale, notamment par Cordier qui s'est occupé de l'affaire. Dès le lendemain, la voiture de l'avocat est trafiquée et ses neveux, Stan et Marina, échappent de peu à la mort. Le frère et la soeur ont été élevés par Ferrer après le départ de leur père et la mort de leur mère... Quelques heures plus tard, Ferrer et sa femme, Hélène, sont kidnappés, la fuite des ravisseurs occasionnant la mort d'une capitaine du SRPJ... Cordier fait bientôt arrêter le père de la petite Nadia qui finit par avouer le sabotage de la voiture mais nie être le kidnappeur...
S02E04 - Grain de sel
Un matin, Vincent Allard quitte le domicile de sa maîtresse, Louise Dutertre. Il lui emprunte son véhicule pour aller travailler, le sien étant hors d'usage. Mais la voiture, piégée, explose. Vincent est tué sous les yeux de Louise. Sylvie Giancardi, restauratrice réputée, est placée en garde à vue. En plus d'être son second, Vincent était son concubin et Louise, critique pour l'éminent guide gastronomique Luth-Dutertre, une amie de longue date...
S02E05 - Témoin à abattre
Gabriel Bloch, le directeur du quotidien «L'info du jour» est découvert défenestré. Quelques heures plus tôt, une violente altercation l'opposait à Marc et Grégory Lorcy, pressés de racheter le journal. Malgré les difficultés qu'il traversait, Bloch s'opposait à ce rachat. Il venait même de faire paraître à la Une, un article dénonçant l'aspect frauduleux des activités du groupe Lorcy. Les soupçons se portent donc naturellement sur eux et, après l'examen des lieux du crime, la thèse du crime est confirmée. On retouve aussi, détail intrigant, des poils de chien sur les vêtements de la victime. A la rédaction de «L'info du jour», le commissaire Cordier rencontre Roxane Vigan, une brillante journaliste dont le dernier ouvrage vient de recevoir le prix de l'Union des journalistes. C'est elle qui succède à Bloch à la tête du journal...
S02E06 - Haute sécurité
Le juge Delaunay vient d'échapper à un attentat. Son garde du corps, Olivier Maillard, a été tué. Il travaillait pour Force Sécurité, une société privée, dirigée par Sandra Berthelot, sa belle-soeur. Celle-ci propose immédiatement ses services au juge afin de mettre les coupables hors d'état de nuire. Après avoir interrogé une suspecte, Claire Fioravanti, le commissaire découvre que c'était effectivement Olivier Maillard qui était visé par l'attentat. Il passe alors au crible la vie du garde du corps et apprend que la victime avait quitté précipitamment, il y a quelques années, le service de protection des hautes personnalités de la PJ...