Les Cordier passent un week-end tranquille chez Lucas Maldini, le neveu de Lucia. Mais ce moment de détente vire au cauchemar lorsque Charlotte est enlevée. Le commissaire Cordier comprend bien vite que ce n'est pas sa petite-fille qui devait être enlevée, mais bien la fille de Lucas. Dès lors, il doit concentrer ses recherches sur les personnes qui pourraient en vouloir à ce point à Lucas, qui semble pourtant être un homme honnête et sans histoires. Mais il est désormais évident qu'il cache certains aspects de sa vie aux Cordier. Ces derniers vont tout faire pour en savoir plus et tenter de sauver Charlotte, quitte à outrepasser leurs droits...
S12E02 - Liens de sang
Luc Mailly, un employé de banque, est retrouvé mort à son domicile. En examinant les lieux, tout porte à croire qu'il y a eu une dispute entre la victime et une autre personne. La déduction est rapidement confirmée par Sophie Destrade, amante et enceinte de Luc. Banal crime passionnel : colère d'une femme congédiée par le père de son futur enfant. Selon Sophie, avec un cendrier, elle a frappé Luc qui s'est ensuite écroulé. Paniquée, Sophie s'est enfuie. Seulement l'enquête reprend lorsque le médecin légiste découvre que Luc Mailly est mort suite à une hémorragie causée par un coup porté à la tête mais pas par un cendrier
S12E03 - Temps mort
Luc Millas, professeur de français d'un Lycée de banlieue, est retrouvé assassiné dans les locaux de l'établissement. Tous les soupçons se portent sur Karim, un délinquant, qui a violemment menacé la victime la veille de sa mort. Les Cordier arrêtent Karim, dont le petit frère, Abdel, est la vedette de l'équipe de basket du lycée. Karim répète qu'il n'y est pour rien, sans pouvoir donner un alibi sérieux. Les Cordier ont toutefois des doutes. Pourquoi Karim aurait-il commis un meurtre presque gratuit ? Une visite chez la victime apprend aux Cordiers l'homosexualité de Millas et le saccage de son appartement par un amant éconduit. Celui-ci explique aux Cordier que Millas s'était pris d'une affection strictement professionnelle pour Abdel, le frère de Karim, un élève prometteur. Alors que Cordier l'interroge sur cette relation, Karim s'accuse du meurtre ! Jalousie de Chénier ? Volonté de Karim de préserver son jeune frère ? Où se trouve la vérité, surtout lorsque Abdel s'accuse lui aussi du meurtre de Millas !
S12E04 - Choc en retour
Pour sauver la vie de Bruno, Cordier abat un fugitif que tout accuse d'être un tueur en série. Mais lorsque le commissaire reçoit un message affirmant qu'il s'est trompé et que le vrai meurtrier va encore frapper, le doute s'installe : Cordier a-t-il abattu un innocent ?
S12E05 - Faux départ
C'est à la fin de semaine que le commissaire Cordier raccroche son holster et rend son badge après des années de bons et loyaux services. Ses derniers jours d'activité vont cependant être beaucoup plus mouvementés que prévus. Cordier reçoit un coup de fil désespéré de Cécile, son adjointe : elle vient de retrouver son amant poignardé chez elle...
S12E06 - Raison d'état
La famille Neubourg est de retour sur le sol français. Après 13 ans passés aux Etats-Unis, ils viennent signer le rachat de l'entreprise publique France Technologies, opération hautement sensible pour le gouvernement français. Le lendemain, Célia Chauffour, responsable des négociations pour le gouvernement, est retrouvée morte au volant de la voiture de Joseph Neubourg. La thèse de l'accident est vite écartée : la barre de direction a été trafiquée. Tout porte à croire que c'est donc Neubourg lui-même qui était visé. Neubourg soupçonne Philippe Jardin, le fils de Lisa Jardin, son ex-femme, morte suicidée juste avant son départ pour les Etats- Unis. Neubourg avait été suspecté de meurtre : il touchait un gros héritage. Mais, Bruno, tout jeune juge n'avait rien réussi à prouver. Jardin, arrêté, avoue avoir souhaité la mort de Neubourg. Le divisionnaire Blondel et Segonzac, haut fonctionnaire de la DST en charge de l'affaire côté Neubourg, félicitent déjà Cordier. Mais, le rapport d'autopsie établit que Célia a été assassinée avant l'accident. Jardin est donc innocent.