Au cours d'une réunion d'anciens à la Nouvelle Orléans Justine, devenue vampire, mord son amie Alex au cou. Commence alors une mutation qui ne s'achèvera que si Alex commet un meurtre. Lors de cette réunion, l'élégant Philippe D'Arcy déclare son amour à Alex et lui propose de vivre avec lui à la Nouvelle Orléans. De retour à San Francisco , elle reçoit la visite de Justine. Alex choisit sa première victime : Nick. Philippe arrive alors à l'improviste et essaie de trouver avec Nick et Derek un moyen pour sauver Alex. Mais les choses prennent une tournure inattendue : Alex semble perdue à jamais dans le Monde des Ténèbres, et entraîne Nick dans sa descente
S03E02 - Le monde des ténèbres - 2ème Partie
Alors que Rachel et Derek luttent pour réanimer Nick, Alex et Philippe s'enfuient loin de la cachette des vampires. Philippe persuade Alex de tuer Nick et de finir sa mutation. Marcus, un vampire énigmatique, est chargé de kidnapper Nick à l'hôpital. Mais, lorsque son plan échoue, il se jette par la fenêtre. Son corps est envoyé à la morgue. Au coucher du soleil, Marcus se réveille et retourne à la cachette des vampires, Derek et Nick le suivent. Mais à l'intérieur du labyrinthe, Nick et Marcus sont faits prisonniers. Alors qu'Alex se prépare à boire le sang de Nick, Derek comprend que le seul espoir pour l'Organisation est d'essayer d'atteindre la dernière parcelle d'humanité d'Alex qui n'a pas encore basculé dans le monde des Ténèbres
S03E03 - Celui qui illumine
Appelés pour une série d'incendies inexpliqués dans des églises, Alex et Nick se rendent compte qu'ils ont été dépassés par l'énigmatique Kristin Adams, un agent de la Maison de Boston. Celle-ci croit que ces incendies sont l'oeuvre d'une secte, dans laquelle son jeune frère Ethan aurait disparu. Dirigé par Jordan, un homme aux pouvoirs étranges et au passé mystérieux, cette secte vénère Lucifer et se bat donc contre tous ceux qui dénoncent le côté obscur. Alors que les membres de l'Organisation lèvent le mystère qui se cache derrière les incendies, Jordan se révèle être un adversaire beaucoup plus dangereux que prévu
S03E04 - Coeurs volés
Un architecte international reconnu, David Cord, a fait il y a bien longtemps un pacte avec le diable afin de gagner du succès. Il doit maintenant en payer le prix. Les forces obscures veulent la fille de Rachel à cause de ses dons, mais comme Kat est protégée par l'amour de sa mère, elle est intouchable. Cord doit donc tout faire pour que Rachel tombe amoureuse de lui, laissant ainsi Kat plus vulnérable face aux Forces du Mal. Heureusement, Rachel réalise que Kat est en danger et se précipite pour la sauver
S03E05 - De père en fils
Lors d'une enquête, Nick est témoin de l'assassinat de son père, Robert Boyle, mort 12 ans auparavant. Membre respecté de l'Organisation, Boyle était un père plutôt dur et Nick a toujours du mal à accepter les critiques que celui-ci lui a faites. Boyle supplie Nick de retrouver son meurtrier afin de le libérer ainsi des limbes auxquelles il a été condamné. Cela lui permettrait de passer enfin dans «l'Autre Monde»
S03E06 - Ange déchu
Quand Elisa et Travis, couple en cavale, sont tués lors d'une course poursuite avec la police, leur promesse de s'aimer éternellement est mise à l'épreuve. Elisa est attirée vers ka lumière tandis que Travis est appelé par les Forces des Ténèbres. Déterminée à sauver l'âme de son amant, Elisa renonce à sa place d'ange et libère l'âme de Travis afin qu'ils soient à nouveau réunis
S03E07 - Maîtresse des rêves
Sentant la mort arriver, Samuel Kellig envoie a son vieil ami Derek un mystérieux colis. Le paquet, qui arrive peu de temps après la mort de Samuel, contient une urne, en morceaux. Cette urne contenait autrefois un esprit qui terrifiait les populations, et Samuel l'a accidentellement cassée. Quelques jours plus tard, la mystérieuse et envoûtante fiancée de Samuel arrive à San Francisco, et ne tarde pas à séduire Derek...
S03E08 - Dette d'honneur
Lors de l'enterrement de Joe Fratello, un ami d'enfance, Nick rencontre John Griffith, un autre ami d'école. John et Joe étaient des amis inséparables, et c'est pendant l'opération tempête du désert, que Fratello a été tué. Peu après les funérailles, Griffith reçoit la visite peu amicale de l'esprit de Joe. Griffith est terrifié par cette apparition et demande de l'aide à Nick
S03E09 - La lumière
Une des familles les plus puissantes et les plus riches d'Amérique, les Barnard, ont eu de nombreux ennemis à travers les âges, mais aucun n'est aussi dangereux que Dolores Sanchez. La petite fille de Dolores, Angela, est morte dans l'accident de voiture de son petit ami, Todd Barnard. Dolores, qui est une sorcière, fait appel à un démon pour détruire les Barnard
S03E10 - Comme des furies
Après avoir été acquitté du meurtre d'un policier, Darren Harding décède à la suite d'étranges phénomènes. Son front est marqué du symbole omega, et son coeur a été arraché de son corps par trois spectres. Derek apprend de son ami, le détective Carmack, que ces phénomènes ont été provoqués par un esprit tueur. Dans les légende grecques, la marque de l'omega était utilisée pour invoquer les furies, dans le but de rendre justice
S03E11 - La cruche irlandaise
Derek et son frère Milo, après avoir découvert une ancienne cruche irlandaise, ne résistent pas à la tentation de l'ouvrir. Mais ils ne se doutent pas qu'à l'intérieur de la cruche sont enfermés toutes sortes d'esprits, ainsi que les âmes de deux frères irlandais, Tommy et Jimmy. Une fois libérés, les frères irlandais prennent l'apparence de Derek et Milo...
S03E12 - Métamorphoses
Convaincu que Rachel veut le détruire, un jeune patient, Elliot Black, la poignarde avec un pic à glace contenant le même poison démoniaque qui lui a été innoculé. Peu à peu, l'infection gagne Rachel et la transforme en une personne paranoïaque et antisociale...
S03E13 - La Belle Dame Sans Merci
Après qu'Alex ait rêvé de duels ayant eu lieu après la guerre civile, elle découvre que sa grande tante a été le témoin de ces événements, il y 130 ans. C'était une très belle esclave noire, amoureuse d'un cavalier, mais que son maître n'avait pas voulu libérer aussi bien de son vivant , que dans la mort...
S03E14 - Le prodige
A l'âge de 17 ans, Kristin s'est trouvée séparée de son amour de lycée, Eugene Kadar, un prodige musical. Ils se retrouvent à San Francisco, lorsqu' Eugene, qui est maintenant un pianiste mondialement connu, donne une représentation. Mais l'oncle du garçon meurt, peu après, dans d'étranges circonstances...
S03E15 - Intermédiaire
Nick a gardé depuis des années le contact avec le petit frère autiste de son ex petite amie, Caroline. Celle ci est admise à l'hôpital, dans un état critique, après avoir été percutée par une boule de feu. Il semble que, parallèlement à la dégradation de la santé de Caroline, son frère se transforme en petit génie.
S03E16 - Le couvent
Après une confrontation passionnée avec son père, une jeune nonne, Mary Miller, se suicide. Après sa mort, des phénomènes étranges se déroulent au couvent. Ingrid demande alors à son frère Derek d'enquêter sur ce qui semble être le fantôme de la jeune Mary.
S03E17 - Prisonnières du temps
Kristin, qui a pour obsession la recherche de son père, persuade Rachel de venir avec elle rencontrer une patiente dans un asile pour criminels. Julia Berman, qui a été inculpée pour le meurtre de sa meilleure amie, Lydia, dans les années cinquante, leur parle d'une ville étrange, appelée Sommerville, qui a été le théâtre de ce meurtre.
S03E18 - Le jeu de la séduction
Alex, Kristin et Rachel travaillent à la résolution des mystères qui entourent une pièce antique. Cette pièce est un cube de pierre comportant d'étranges écritures. Nicolas Oldman, un expert en antiquité de l'Est les rejoint pour les aider. Les jeunes femmes tombent immédiatement sous son charme.
S03E19 - Voyance extrême
Jeffrey Starr est de retour en ville, il propose à ses clients de les aider, mais plutôt que d'utiliser ses pouvoirs psychiques, il a recours à des tours de magie. Mais en voulant aider une de ses clientes qui est en proie à de violents cauchemars, il rentre en contact sans le vouloir, avec un esprit très puissant qui cherche à le détruire.
S03E20 - Le dernier preux chevalier
Un très vieux paquet attend Kristin chez elle. Intriguée, elle l'ouvre, et y découvre d'anciennes cartes géographiques, datant probablement de l'époque des croisades, ainsi qu'un message de son père...
S03E21 - Les armées de la nuit
La fondation Luna est assiégée par des assaillants inconnus. Kristin, Rachel et sa fille Catherine sont à l'étranger. Alex, Nick et Dereck doivent alors affronter, seuls, les attaquants. Peu après, Alex disparaît et Nick est enlevé par les assaillants. Nick découvre qu'Alex a été ramené dans le monde de vampires par Marcus qui est le chef des attaquants.
S03E22 - L'au-delà
Après une longue bataille contre les assaillants, les membres de Luna sont sains et saufs. Le chef des attaquants, Marcus, est mort. Pendant la bataille, Alex a failli devenir un vampire, et les forces du Mal ne sont pas prêtes de le laisser partir. Une mystérieuse jeune femme lui dit que s'il arrête de se battre, ses amis seront saufs.