Contacté par une journaliste, Derek se rend dans une ville où le taux de suicide a augmenté de façon inquiétante. N'ayant pas de ses nouvelles, Alex et Nick partent à sa recherche. Quand ils le trouvent enfin, Derek semble avoir perdu la raison. Il leur tire dessus avant d'essayer, lui aussi, de se suicider...
S02E02 - La veuve noire
La fondation enquête sur une série de meurtres, tous des hommes retrouvés nus. Alors que tout laisse croire à des crimes sexuels, l'équipe réalise qu'il s'agit en fait d'une créature qui prend l'apparence de leurs anciens amants afin de mieux les tuer...
S02E03 - Extinction des feux
Un soir, une caisse adressée à William Sloane est livrée à la Fondation. A l'intérieur, des objets ordinaires. Mais, peu après, d'étranges incidents se produisent et des lucioles s'attaquent aux membres de l'équipe et au majordome.
S02E04 - Le chaman
Tania, la soeur d'Alex, lui rend visite à San Francisco en compagnie de son ami Daniel, un chaman africain. Ce dernier tente de convaincre Alex de l'assister pour guérir des malades sur lesquels la médécine traditionnelle n'a aucun pouvoir...
S02E05 - Le cadeau
Le soir de Noël, entourée de Derek et de Rachel, Katherine ouvre son cadeau : des poupées russes. Alors que le fantôme de son père est présent, la jeune femme ne s'attend pas à trouver une surprise, dangereuse, dans la plus petite poupée...
S02E06 - L'évasion
Steven Romero, un ancien patient de Rachel, coupable de plusieurs meurtres, s'est enfui de prison. Persuadée qu'il va venir lui rendre visite, Rachel prend les devants et se rend avec Derek dans sa cellule à la recherche d'indices...
S02E07 - L'ange des ténèbres
En route pour la fondation par une nuit pluvieuse, Nick manque d'écraser une jeune fille. Blessée et terrifiée, elle prétend être pourchassée par le Diable. Arrivée à destination, l'équipe se demande si elle raconte la vérité...
S02E08 - La vie des morts
Derek apprend que Laura, la jeune femme dont il était amoureux, est décédée. Quelques jours plus tard, un certain Lucas se présente à la fondation prétendant être son fils et celui de Laura.
S02E09 - La bête de la nuit
Rachel et Derek mènent l'enquête sur un loup-garou qui hante les nuits d'une jeune patiente du docteur...
S02E10 - La rançon
Lorsque Soeur Ingrid est enlevée et menacée de mort, Derek doit verser une rançon sous forme de calice aztèque. Mais avant tout, avec l'aide de Sloane, Derek tente de trouver où Soeur Ingrid est retenue prisonnière...
S02E11 - Le lien
L'équipe de la fondation tente de résoudre l'assassinat d'un cardinal. Persuadé que l'auteur est John Wesley Richter, un ancien marine, Nick part à sa recherche pour mettre fin aux meurtres...
S02E12 - Repentir
Philip Callahan, jeune prêtre appartenant à la Fondation, se voit forcé de dénoncer un tueur en série pour éviter un nouveau meurtre. Mais après que celui-ci ait été exécuté, son fantôme le poursuit pour obtenir l'absolution...
S02E13 - Le phare du diable
Après avoir lu un article sur la disparition d'un jeune garçon, l'équipe se rend au lieu dit "le phare du diable" et découvre le fantôme du gardien du phare...
S02E14 - La berceuse
En jouant à invoquer les esprits, Katherine et des amies suscitent l'apparition du fantôme d'une jeune femme chantant des berceuses. Les nuits suivantes, deux jeunes enfants disparaîssent, emportés par l'esprit
S02E15 - Soif de vengeance
Laura, une amie d'enfance de Nick, est habitée par l'esprit d'Elizabeth qui se sert d'elle pour se venger de ceux qui ont provoqué sa mort.
S02E16 - L'esprit du mal
Un jeune Américain d'origine indienne est possédé par un esprit qui le protège en tuant toutes les personnes qui l'agressent ou le contrarient. Grâce aux conseils d'un vieux sage indien, Derek et ses amis vont tenter d'exorciser ce dernier.
S02E17 - Le charlatan
Le charlatan Jeffrey Starr se retrouve bien malgré lui confronté à un fantôme. Après l'avoir démasqué, Derek et Alex se rendent compte que Jeffrey a le don de voir dans le passé et l'avenir...
S02E18 - La folie ou la vie
Une amie psychiatre de Rachel lui confie que plusieurs de ses patientes sont mortes dans des circonstances étranges. Sans pouvoir avancer de preuves, elle soupçonne le chef de l'équipe médical. Afin de découvrir la vérité, Rachel décide de se faire interner pour une dépression simulée...
S02E19 - Quelqu'un pour veiller sur moi
Au beau milieu de la nuit, Derek reçoit un coup de téléphone. C'est son ami d'université Spencer Croft, qu'il n'a pas revu depuis des années. Celui-ci semble affolé. Puis, la ligne est soudainement coupée . Derek appelle chez Croft et tombe sur sa femme, Serena, qui lui annonce que son mari est mort le jour précédent...
S02E20 - Que les démons reposent en paix
Sloan doit rapporter par avion les reliques de Gilles de Rais à la fondation. Cependant, lors du voyage, l'avion s'écrase, brisant la précieuse urne funéraire qui libère ainsi l'esprit maléfique du baron Rais...
S02E21 - Pris au piège
En arrivant à la fondation, Sloan et Nick ne trouvent aucune trace de Derek et Alex. Ils passent alors en revue les différents esprits qui auraient pu s'en prendre à eux...
S02E22 - Le choix de Rachel
Rachel hésite à quitter la fondation pour mener une vie paisible avec sa fille loin des esprits maléfiques. Ses amis tentent pourtant de la convaincre de rester en lui faisant comprendre que son avenir et celui de sa fille sont là...