Il ne sont plus que quatre au Groupe flag et personne n'a fait le deuil de Rémi. Cela ne les empêche pas de mener à bien une affaire de trafic de stupéfiants, en remontant la filière jusqu'au "gros bonnet". Un nouveau commissaire est affecté en remplacement de Merlot : Marjorie, aussi ravissante qu'autoritaire intrigue immédiatement Bernard... Claire, quant à elle, passe par des moments difficiles, elle est victime d'une arnaque au distributeur et se dispute avec sa colocataire...
S02E02 - Marchands de sommeil
Claire, comme ses collègues, est déstabilisée par l'arrivée d'Arnaud qui remplace Rémi. Elisa, la plongeuse de "chez Samir", a mystérieusement disparu. Claire et Arnaud découvrent un réseau qui exploite des sans papiers. Dans le même temps, le groupe interpelle un réseau de trafiquants de voitures de luxe, non sans une certaine admiration pour le mode opératoire... Janique présente à Claire une série de candidats au concours de l'âme soeur...
S02E03 - Vidéo surveillance
Bernard et Claire ont une altercation au sujet de la musique, et Claire commence à se poser des questions sur cette allergie... Et c'est le clash. Tout cela sur fond d'une lourde affaire dans une cité, où une bande de jeunes se livre à toutes sortes de trafics et terrorise tout le monde. Le groupe planquera nuit et jour, en silence et dans la pénombre, dans un appartement vide de ladite cité, pendant une semaine...
S02E04 - Abus de confiance
Arnaud découvre que l'un des indics du Groupe cache ses propres malversations : un réseau depuis l'Europe de l'Est de mineures qu'il met sur le trottoir. Claire l'aide à enquêter dans un premier temps, puis Bernard, qui a deviné, se joint à eux. Le groupe pique sur le vif une petite équipe bien rodée qui pratique le "vol à la ruse"...
S02E05 - Sous influence
Claire découvre qu'Alain cache des choses ; il pourrait s'agir de rapports avec des terroristes. Le Groupe a connaissance d'une affaire de GHB, cette drogue inodore et incolore qui rend les filles totalement passives et ne laisse pas le moindre souvenir. Claire fait "la chèvre". Dans le même temps, ils interpellent un jeune rigolo qui a mis au point une tactique originale pour délester les riches passants de leur carte de crédit. Benjamin, le fils de Michel, est en stage au commissariat...
S02E06 - Mauvais genre
Exceptionnellement en RTT, Bernard repère deux hommes dans une voiture qui retirent leur cagoule. Convaincu qu'il s'agit d'une équipe de braquage, il les file, tout en vérifiant qu'une banque a en effet été cambriolée quelques minutes plus tôt. Le groupe est sur la piste de deux jeunes fugueuses, tout en essayant de démanteler un réseau d'arnaque à l'humanitaire. Claire, de son côté, poursuit son enquête sur Alain...